Analyse moléculaire et génomique d’isolats cliniques de quelques bactéries pathogènes locales.

Abstract

Cette étude avait comme objectif l’étude de la prévalence et les profils de résistance aux antibiotiques, ainsi que la caractérisation des déterminants génétiques de résistance chez des isolats cliniques d'Enterobacteriaceae. Entre 2012 et 2017, un total de 84 isolats d'entérobactéries ont été isolés à partir de différents échantillons cliniques prélevés de patients à l'hôpital Rabah Bitat de Boumerdès. Les isolats ont été identifiés par des tests microbiologiques et biochimiques et confirmés par MALDI-TOF-MS, dont 49 (58.3%) étaient Escherichia coli, 30 (35.7%) Klebsiella pneumoniae, 3 (3.6%) Enterobacter cloacae, 1 (1.2%) Enterobacter aerogenes et 1 (1.2 %) Klebsiella oxytoca. La majorité des isolats (78.5%) provenaient d'échantillons d'urine. Les antibiogrammes ont montré que les taux de résistance variaient entre 10% et 100%, les plus élevés (100%) étaient enregistrés contre amoxicilline et amoxicilline+acide clavulanique chez E. coli et Enterobacter spp., et les plus bas (entre 0% et 26%) pour ertapénèm et pipéracilline+ tazobactam chez E. coli et Klebsiella spp. Aucun des isolats n’était résistant à l'imipénème, ce qui fait des carbapénèmes le médicament de choix pour le traitement de ces agents pathogènes. La colistine a également montré une bonne efficacité, notamment contre les Enterobacter spp. et les E. coli, avec des taux de résistance de 0 % et 2 %, respectivement. Le taux global de multirésistance était relativement élevé (75%) parmi nos isolats, beaucoup plus élevé parmi K. pneumoniae (86.6%) que E. coli (69.4%). La fréquence globale des producteurs de β-lactamases à spectre étendu (BLSE) était de 57% (n=48), étant plus élevée parmi les Enterobacter spp. (100%) et les K. pneumoniae (80%) que parmi les E. coli (40.8%). L'analyse des déterminants génétiques de résistances a montré la présence des BLSE de types CTX-M (66.7%) et SHV (33.3%), parmi lesquelles le variant CTX-M-15 était le plus fréquent (41.6%, n=15). Nous rapportons également la première détection en Algérie des variants BLSE CTX-M27, CTX-M55 et SHV-16. Dans l'ensemble, nos résultats ont démontré que la multirésistance aux antibiotiques et la production de BLSE parmi les entérobactéries pathogènes dans notre étude étaient relativement élevées, soulignant la nécessité d'une surveillance continue de ces agents pathogènes, ainsi que la compréhension de leurs mécanismes moléculaires de résistance et de dissémination, afin d’aider à mettre en place des mesures de prévention appropriées