Caractérisation moléculaire des bactéries responsables d’infections nosocomiales isolées au niveau des hôpitaux de Chlef

Abstract

Staphylococcus aureus est la principale cause d’infections nosocomiales et communautaires dans le monde. Les objectifs de cette thèse étaient de génotyper et de déterminer les profils de résistance aux antibiotiques et de virulence de 17 isolats cliniques de S. aureus isolés de patients admis dans deux hôpitaux dans la région de Chlef en Algérie, par séquençage de leurs génomes entiers. En premier lieu, les génomes entiers des isolats ont été séquencés, puis analysés par les approches de typages in silico MLST, Spa, SCCmec et par Single Nucleotide Polymorphism (SNP), suivi par des analyses phylogénétiques et épidémiologiques. Les profils génotypiques de résistance et de virulence aux antimicrobiens ont été déterminés par analyse des génomes. La résistance phénotypique aux antibiotiques des isolats a été testée sur un panel de 21 antibiotiques par la méthode de diffusion de disque et le système automatisé Vitek 2. Les typages MLST, Spa et SCCmec ont séparé les isolats en cinq types de séquence (ST), ST1, ST22, ST45 et ST80 et un nouveau ST désigné slvST15, quatre types de spa (t044, t127, t368, t386) et deux types SCCmec (IVc et IVa), respectivement. Le clone ST80 était le plus prédominant dans cette étude. Le typage basé sur l’analyse des SNP a permis de mettre en évidence des potentiels événements de transmission intra- et inter-hospitalière. L'analyse des génomes entiers a révélé une prévalence et une distribution différentes de 15 déterminants génétiques de la résistance aux antibiotiques parmi les isolats. Les isolats ont été séparés en deux groupes, 10 S. aureus sensibles à la méthicilline (SASM) et 7 S. aureus résistants à la méthicilline (SARM), sur la base de la présence du gène mecA et de leur résistance à la céfoxitine. Les isolats ont montré des taux de résistance différents aux autres antibiotiques testés. Les taux de multirésistance aux antibiotiques étaient très élevés, avec 71,42% et 60%, parmi les isolats de SARM et de SASM, respectivement. Près de 100 gènes de virulence ont été identifiés, avec des proportions différentes, dans les 17 génomes. À notre connaissance, il s'agit de la première étude basée sur le séquençage des génomes entiers en Algérie qui a fourni une caractérisation détaillée et à haute résolution des isolats cliniques de SARM et de SASM. Les résultats de cette étude soulignent l’importance d’une surveillance continue de S. aureus dans les établissements de santé en Algérie.