Caractérisation génétique et phénotypique des souches d'Erwinia amylovora, agent causal du feu bactérien chez les rosacées
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Date
2026
Authors
Journal Title
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Volume Title
Publisher
Mohammed SEBAIHIA
Abstract
La bactérie Gram-négative Erwinia amylovora est l’agent responsable du feu bactérien, l’une
des maladies les plus dangereuses affectant les plantes de la famille des Rosacées. Depuis sa
première détection en Algérie en 2010, la maladie s’est propagée dans plusieurs régions du pays
et a causé d’importants dégâts. Le but de cette étude était de caractériser, sur les plans
phénotypique et génotypique, les souches d’E. amylovora associées au feu bactérien en Algérie.
Durant la période entre 2016 et 2021, des échantillons ont été prélevés dans des vergers situés
dans différentes wilayas : Chlef, Aïn Defla, Tipaza, Blida, Sétif, Mila et Constantine. Au total,
18 isolats bactériens ont été confirmés comme étant E. amylovora par PCR conventionnelle et
PCR en temps réel. Elles ont ensuite été soumises à plusieurs tests pour une caractérisation
phénotypique : analyse des profils d’acides gras, tests de virulence, caractérisation biochimique
et analyse de la cinétique de croissance. Pour la caractérisation génotypique, une PCR duplex a
été réalisé pour détecter la présence du plasmide ubiquitaire pEA29 et le plasmide pEI70, ainsi
qu’une analyse VNTR, une analyse MLST suivie d'une analyse phylogénétique à partir des
séquences concaténées des gènes ciblés. Un génotypage CRISPR a également été effectué sur
la base des séquences de trois régions CRISPR.
Les 18 souches analysées ont montré quelques différences phénotypiques, notamment au
niveau de la cinétique de croissance. Selon leur virulence sur des poires immatures, elles ont
été réparties en trois groupes. L’analyse des profils d’acides gras a permis de distinguer
également trois groupes, probablement liés à leur origine d’isolement. L’analyse globale des
données phénotypiques (Analyse Factorielle Multiple) a permis d’identifier cinq groupes
distincts.
L’analyse génétique a montré qu’une seule souche ne possède pas le plasmide pEA29 ; il s’agit
de la souche la moins virulente, et aucune ne contient le plasmide pEI70. Les analyses MLST
et VNTR ont montré une forte homogénéité entre les souches, ce qui n’a pas permis de les
différencier efficacement. L’arbre phylogénétique a regroupé les souches algériennes au sein
du clade largement prévalent à l’échelle mondiale. Le génotypage CRISPR a révélé trois
génotypes : un déjà connu (4-24-38/Aaα), présent chez la majorité des souches, et deux
nouveaux, l’un correspondant à la souche EA55 (4-29-38/Aeα), et l’autre à la souche EA54
(NP-24-38/naα). Un nouveau motif CR1 a également été détecté.
En conclusion, il s’agit de la première étude en Algérie qui combine une analyse phénotypique,
génétique et phylogénétique des souches d’E. amylovora. Elle permet de proposer une voie
possible d’introduction d’E. amylovora dans le nord du pays. Les résultats indiquent que les
souches partagent un ancêtre commun, probablement originaire du Nord de l’Italie, et qu’elles
ont été introduites en Algérie à la suite d’un ou de plusieurs événements d’introduction, avant
de se disperser dans différentes régions.
Description
THÈSE
Présentée pour l’obtention du diplôme de
DOCTORAT
Filière : Biologie
Spécialité : Génomique Microbienne
Keywords
Erwinia amylovora, feu bactérien, virulence