Doctorat en Sciences de la Nature et de la Vie ( Biologie)

URI permanent de cette collection

https://dspace.univ-chlef.dz/handle/123456789/12

Parcourir par

Voici les éléments 1 - 20 sur 27

Évaluation de la diversité bactérienne du pied diabétique : approche moléculaire et métagénomique
(Mohammed SEBAIHIA, 2026) FERHAOUI, Nerdjes
Le diabète constitue un problème majeur de santé publique, associé à une vaste gamme de complications affectant divers organes. L’ulcère du pied diabétique (UPD) est l’une des complications les plus graves, représentant une cause importante d’amputations des membres inférieurs. Les patients atteints d’UPD présentent un risque élevé de développer des infections du pied diabétique (IPD) impliquant les tissus mous et/ou l’os. Cette thèse est divisée en deux parties : la prèmiere concerne la caractérisation génomique des souches de Staphylococcus et Mammaliicoccus spp. isolées des IPD et de la peau saine du pied contralatéral (PSPC) chez les mêmes patients ; la deuxième partie porte sur l’évaluation de la diversité et de la structure des communautés bactériennes des IPD comparées à celles de la PSPC, en utilisant le séquençage métagénomique shotgun. Dans un premier temps, 58 souches de Staphylococcus/Mammaliicoccus spp. isolées de 44 patients ont été séquencées, annotées pour identifier les gènes de résistance aux antimicrobiens et de virulence, puis soumises à un typage in silico (MLST, spa, SCCmec) ainsi qu’à une analyse du pangénome. Dans un second temps, des échantillons provenant de 32 patients ont été analysés par séquençage métagénomique afin d’examiner la composition bactérienne et la diversité des IPD et de la PSPC. Au total, 32 isolats de Staphylococcus aureus et 10 Staphylococcus epidermidis ont été isolés à la fois à partir des IPD et de la PSPC. Par contre, Staphylococcus haemolyticus (n = 8), Mammaliicoccus sciuri (n = 1), Staphylococcus hominis (n = 1) et Staphylococcus simulans (n = 3) ont été isolés uniquement à partir de la PSPC, tandis que Staphylococcus caprae (n = 2) et Staphylococcus saprophyticus (n = 1) étaient spécifiques aux IPD. Le typage des 32 isolats de S. aureus a révélé 6 types ST (ST672, ST80, ST241, ST1, ST97, ST291) et 4 ST non définis (STNF), 8 types spa (t044, t037, t3841, t1247, t127, t639, t937, t9432), ainsi que 2 types SCCmec (IV et III (A)). Parmi les staphylocoques à coagulase négative (SCoN), les isolats de S. epidermidis appartenaient aux ST54, ST35 et ST640, et ceux de S. haemolyticus aux ST3, ST25, ST29, ST1 et ST56. L’isolat unique de M. sciuri possédait un SCCmec de type III(A). Une large diversité de gènes de résistance et de virulence a été identifiée, avec une répartition variable selon les espèces ou les ST. L’analyse du pangénome a mis en évidence une population hautement clonale, notamment parmi les isolats de S. aureus. L’analyse métagénomique a révélé une prédominance d’anaérobies stricts appartenant aux Bacteroidetes dans les IPD de grade PEDIS 4, tandis que PEDIS 3 et 2 étaient dominés par les Proteobacteria. La PSPC présentait une composition bactérienne relativement stable à travers tous les grades, dominée par les genres Corynebacterium, Staphylococcus, Pseudomonas et Cutibacterium. La diversité bactérienne était plus élevée dans la PSPC que dans les IPD pour les grades PEDIS 3 et 4, alors qu’elle était comparable entre les deux sites pour le grade PEDIS 2. L’analyse PCoA a mis en évidence des structures communautaires distinctes entre les IPD et la PSPC, Prevotella, Bacteroides et Porphyromonas étant les principaux contributeurs à cette différenciation. Les analyses par Neighbor-Net ont confirmé une diversité réduite et une composition bactérienne dominante plus homogène dans les IPD comparativement à la PSPC.
Caractérisation génétique et phénotypique des souches d'Erwinia amylovora, agent causal du feu bactérien chez les rosacées
(Mohammed SEBAIHIA, 2026) TALHI, Lina
La bactérie Gram-négative Erwinia amylovora est l’agent responsable du feu bactérien, l’une des maladies les plus dangereuses affectant les plantes de la famille des Rosacées. Depuis sa première détection en Algérie en 2010, la maladie s’est propagée dans plusieurs régions du pays et a causé d’importants dégâts. Le but de cette étude était de caractériser, sur les plans phénotypique et génotypique, les souches d’E. amylovora associées au feu bactérien en Algérie. Durant la période entre 2016 et 2021, des échantillons ont été prélevés dans des vergers situés dans différentes wilayas : Chlef, Aïn Defla, Tipaza, Blida, Sétif, Mila et Constantine. Au total, 18 isolats bactériens ont été confirmés comme étant E. amylovora par PCR conventionnelle et PCR en temps réel. Elles ont ensuite été soumises à plusieurs tests pour une caractérisation phénotypique : analyse des profils d’acides gras, tests de virulence, caractérisation biochimique et analyse de la cinétique de croissance. Pour la caractérisation génotypique, une PCR duplex a été réalisé pour détecter la présence du plasmide ubiquitaire pEA29 et le plasmide pEI70, ainsi qu’une analyse VNTR, une analyse MLST suivie d'une analyse phylogénétique à partir des séquences concaténées des gènes ciblés. Un génotypage CRISPR a également été effectué sur la base des séquences de trois régions CRISPR. Les 18 souches analysées ont montré quelques différences phénotypiques, notamment au niveau de la cinétique de croissance. Selon leur virulence sur des poires immatures, elles ont été réparties en trois groupes. L’analyse des profils d’acides gras a permis de distinguer également trois groupes, probablement liés à leur origine d’isolement. L’analyse globale des données phénotypiques (Analyse Factorielle Multiple) a permis d’identifier cinq groupes distincts. L’analyse génétique a montré qu’une seule souche ne possède pas le plasmide pEA29 ; il s’agit de la souche la moins virulente, et aucune ne contient le plasmide pEI70. Les analyses MLST et VNTR ont montré une forte homogénéité entre les souches, ce qui n’a pas permis de les différencier efficacement. L’arbre phylogénétique a regroupé les souches algériennes au sein du clade largement prévalent à l’échelle mondiale. Le génotypage CRISPR a révélé trois génotypes : un déjà connu (4-24-38/Aaα), présent chez la majorité des souches, et deux nouveaux, l’un correspondant à la souche EA55 (4-29-38/Aeα), et l’autre à la souche EA54 (NP-24-38/naα). Un nouveau motif CR1 a également été détecté. En conclusion, il s’agit de la première étude en Algérie qui combine une analyse phénotypique, génétique et phylogénétique des souches d’E. amylovora. Elle permet de proposer une voie possible d’introduction d’E. amylovora dans le nord du pays. Les résultats indiquent que les souches partagent un ancêtre commun, probablement originaire du Nord de l’Italie, et qu’elles ont été introduites en Algérie à la suite d’un ou de plusieurs événements d’introduction, avant de se disperser dans différentes régions.
Extraction, étude analytique et activité biologique des extraits d’Urtica dioica L.
(Malika BOUALAM / Meriem FIZIR, 2026) KEDDAR, Fayza
Ce travail vise à valoriser les substances naturelles d'une plante locale d'intérêt médicinal, Urtica dioica L., en déterminant la composition en polyphénols et flavonoïdes présents dans ses feuilles et racines, tout en évaluant ses propriétés biologiques in vitro. L'extraction des polyphénols a été réalisée par macération avec du méthanol pur. Des dosages colorimétriques ont permis d'identifier l'extrait le plus riche en polyphénols. L'activité antimicrobienne a été mesurée par la méthode de microplaque à 96 puits pour déterminer la concentration inhibitrice minimale (CIM). L'activité antioxydante a été évaluée in vitro à l'aide du test DPPH. De plus, l'activité insecticide a été testée sur les larves de Tuta absoluta (L1 et L4) et les adultes du puceron Hyalopterus pruni. Un facteur de protection solaire a également été évalué, ainsi que l'activité anti-inflammatoire et la cytotoxicité. Les composés phénoliques des extraits méthanoliques des feuilles et des racines d'U.dioicaont été identifiés par LC-MS/MS Les rendements d’extraction des racines et des feuilles étaient respectivement de 28,60 % et 8,75 %, tandis que la teneur en huile essentielle était très faible (0,07 %). La teneur totale en polyphénols était de 5,37 mg EAG/g pour les feuilles et de 1,21 mg EAG/g pour les racines, tandis que la teneur en flavonoïdes était de 0,40 mg QAE/g pour les feuilles et de 0,19 mg QAE/g pour les racines. Les valeurs de CIM variaient de 0,07 à 0,15 mg/ml, et les valeurs de concentration bactéricide minimale (CMB) allaient de 0,7 à 0,30 mg/ml, indiquant une activité principalement bactéricide. Les tests anti-radicaux libres ont montré une inhibition de 80,54 % pour l'extrait de feuilles et de 49,23 % pour l'extrait de racines. Les deux extraits ont présenté des toxicités proches, avec une DL50 de 17,54 % et 13,19 % contre T. absoluta, et de 8,05 % et 9,42 % contre H. pruni pour les feuilles et les racines, respectivement. Le facteur de protection solaire (FPS) était de 22,56 pour les feuilles et de 11,48 pour les racines à une concentration de 2 mg/ml. Les deux extraits ont également montré une protection contre la dénaturation des protéines, avec des taux de 88,05 % pour les racines et de 67,16 % pour les feuilles. Des concentrations non toxiques et sûres de l'extrait des feuilles et des racines ont été établies avec un pourcentage hémolytique de 21,91 ± 0,003 et 7,38 ± 0,003 pour les feuilles et les racines respectivement à une concentration de 250µg/ml. L'analyse par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS) a confirmé la présence de 22 composés dans les racines et de 27 dans les feuilles. L'acide gallique et le 4-méthylguaiacol (créosol) étaient majoritaires dans les deux extraits, tandis que l'ester phényléthylique et le 3,5- diméthoxyphénol étaient présents uniquement dans l'extrait de feuilles. En somme, nos Résumé résultats soulignent le potentiel remarquable d'U. dioicacomme source de molécules bioactives aux intérêts agronomiques et thérapeutiques variés. Mots clés :Urtica dioica L., composition chimique, activités biologiques, polyphénols.
Application de la génomique pour l'analyse des communautés bactériennesprésentes dans quelques hôpitaux à Chlef
(ALLEM Rachida, 2025) Saadi, Somia
Les infections nosocomiales constituent un problème majeur de santé publiqueenAlgérie, notamment à Chlef, où la contamination des surfaces hospitalières joue unrôleclédans leur propagation. L’objectif de cette étude était de caractériser la communautébactérienne présente dans les environnements hospitaliers L’étude de cette contaminationaété menée entre novembre 2016 et mars 2018 à l’EPH Sœur Badj (SB) et l’EPHFrère Khelif(FKH) sur 384 échantillons prélevés sur des surfaces souvent négligées lors du nettoyagequotidien (lits d’hospitalisation, téléphones de service, appareillage médical et poignéesdeporte). L’analyse microbiologique a conduit à l’isolement de 281 souches bactériennes (108àSB et 173 à FKH), confirmées par le séquençage de l’ARN 16S. La contaminationbactérienne a atteint 33,92 % à SB et 52,90 % à FKH, avec une prévalence élevée pour leslits (47,22 % à SB et 43,93 % à FKH), suivie par l’appareillage médical (31,48 %à SBet 32,95 % à FKH). Les Enterobacteriaceae dominaient (42,59 % à SB et 93,88 %à FKH), avecE.coli comme espèce la plus fréquente (10,40 % à SB et 11,11 % à FKH). Les Staphylococcusreprésentaient 32,40 % des isolats à SB et 34,10 % à FKH, dont S.aureus (12,72 %à SBet 15,74 % à FKH). Les bactéries non fermentaires étaient également présentes en proportionssimilaires dans les deux hôpitaux (19,44 % à SB et 19,07 % à FKH). L’analyse statistique(χ2= 12,000 ; p = 0,213) a révélé que la répartition bactérienne sur les différentes surfaceséchantillonnées n’était pas significativement différente. Les tests d’antibiogramme ont misenévidence une résistance élevée des Staphylococcus à la pénicilline G(78,72 %) et àl’ampicilline (61,70 %). Les Enterobacteriaceae présentaient des taux de résistance alarmantsà la pipéracilline (80 % à SB et 100 % à FKH), bien qu’elles restent totalement sensiblesàl’imipenème (100 %). Ces résultats soulignent l’urgence de renforcer l’hygiène hospitalière, d’améliorer la désinfection des surfaces souvent négligées et d’instaurer une surveillancemicrobiologique rigoureuse pour limiter la dissémination des bactéries multirésistantes.
Mécanismes moléculaires de résistance aux antituberculeux chez Mycobacterium tuberculosis
(Rachida ALLEM, 2024-07-11) BOUZIANE, Feriel
La tuberculose, causée par Mycobacterium tuberculosis (Mtb), continue d’être un problème majeur de santé publique à l’échelle mondiale. Les objectifs de cette étude étaient la caractérisation des profils phénotypiques et génotypiques ainsi que la diversité génétique de Mtb résistants aux antibiotiques isolés en Algérie. Dix isolats de Mtb multirésistants (MDR-TB) et un isolat mono-résistant à l'isoniazide (MR TB), isolés à partir de patients algériens atteints de tuberculose pulmonaire et extra-pulmonaire, ont été inclus dans cette étude. La détermination des profils phénotypiques de résistance des isolats a été réalisée par la méthode de proportion indirecte (MPI) sur gélose. Les mutations associées à la résistance aux antituberculeux ont été mises en évidence par la combinaison des tests de sondes linéaires, GenoType® MTBDRplus v2 et GenoType®MTBDRsl v2, le séquençage par la méthode de Sanger et le séquençage de nouvelle génération ciblant des amplicons de 15 locus. La diversité génétique des isolats a été caractérisée par la méthode de génotypage MIRU-VNTR. Les mutations les plus couramment associées à la résistance à la rifampicine (rpoB S531L), l'isoniazide (katG S315T et C15T dans le promoteur de inhA), la streptomycine (rpsL K43R, gidB V139A ou L16R et rrs A514C), l'éthambutol (embB M306V ou M306I), la pyrazinamide (pncA V155A ou T142M) et à l’ofloxacine (gyrA A90V), ont été identifiées. D’autres nouvelles et rares mutations ont été également trouvées dans les gènes rpoB (délétion 512-513-514), katG (S315R, M126I/R496L), gidB (V124G, E92A, V139A, G37V) et gyrA (P8A). L'analyse MIRU-VNTR a révélé que les souches de Mtb les plus répandues dans cette étude appartenaient aux lignées Cameroon (36%), et de Haarlem (36%), suivi par les lignées LAM (18%) et S (9%). Cette étude a établi, pour la première fois, les déterminants génétiques de résistances aux antituberculeux et la diversité génétique de la population de Mtb en circulation en Algérie. Bien que les résultats de cette étude puissent être utiles pour la mise en œuvre de mesures de contrôle de la tuberculose en Algérie, d’autres études d’épidémiologie moléculaire plus élargies sont nécessaires pour mieux comprendre l’épidémiologie de la tuberculose en Algérie.
Caractérisation moléculaire des bactéries responsables d’infections nosocomiales isolées au niveau des hôpitaux de Chlef
(SEBAIHIA Mohammed, 2024-07-26) Namoune, Rachida
Staphylococcus aureus est la principale cause d’infections nosocomiales et communautaires dans le monde. Les objectifs de cette thèse étaient de génotyper et de déterminer les profils de résistance aux antibiotiques et de virulence de 17 isolats cliniques de S. aureus isolés de patients admis dans deux hôpitaux dans la région de Chlef en Algérie, par séquençage de leurs génomes entiers. En premier lieu, les génomes entiers des isolats ont été séquencés, puis analysés par les approches de typages in silico MLST, Spa, SCCmec et par Single Nucleotide Polymorphism (SNP), suivi par des analyses phylogénétiques et épidémiologiques. Les profils génotypiques de résistance et de virulence aux antimicrobiens ont été déterminés par analyse des génomes. La résistance phénotypique aux antibiotiques des isolats a été testée sur un panel de 21 antibiotiques par la méthode de diffusion de disque et le système automatisé Vitek 2. Les typages MLST, Spa et SCCmec ont séparé les isolats en cinq types de séquence (ST), ST1, ST22, ST45 et ST80 et un nouveau ST désigné slvST15, quatre types de spa (t044, t127, t368, t386) et deux types SCCmec (IVc et IVa), respectivement. Le clone ST80 était le plus prédominant dans cette étude. Le typage basé sur l’analyse des SNP a permis de mettre en évidence des potentiels événements de transmission intra- et inter-hospitalière. L'analyse des génomes entiers a révélé une prévalence et une distribution différentes de 15 déterminants génétiques de la résistance aux antibiotiques parmi les isolats. Les isolats ont été séparés en deux groupes, 10 S. aureus sensibles à la méthicilline (SASM) et 7 S. aureus résistants à la méthicilline (SARM), sur la base de la présence du gène mecA et de leur résistance à la céfoxitine. Les isolats ont montré des taux de résistance différents aux autres antibiotiques testés. Les taux de multirésistance aux antibiotiques étaient très élevés, avec 71,42% et 60%, parmi les isolats de SARM et de SASM, respectivement. Près de 100 gènes de virulence ont été identifiés, avec des proportions différentes, dans les 17 génomes. À notre connaissance, il s'agit de la première étude basée sur le séquençage des génomes entiers en Algérie qui a fourni une caractérisation détaillée et à haute résolution des isolats cliniques de SARM et de SASM. Les résultats de cette étude soulignent l’importance d’une surveillance continue de S. aureus dans les établissements de santé en Algérie.
Molecular typing and antibiotic resistance profiles of Clostridioides difficile strains isolated in Algeria
(Mohammed SEBAIHIA, 2024) BOUDJELAL, Youcef
Clostridioides difficile, an anaerobic, Gram-positive, spore-forming bacterial pathogen, is considered as the leading cause of hospital-acquired post-antibiotic diarrhoea. The major virulence factors of C. difficile are two toxins, toxin A and toxin B. C. difficile can either colonize patients without causing clinical manifestations (healthy carriers), or can cause a spectrum of diseases, ranging from mild diarrhoea to severe forms, such as pseudomembranous colitis, colon perforation, toxic megacolon and sepsis, which can lead to death. C. difficile infections (CDIs) frequently occur in hospital settings, and are transmitted by the faecal-oral route, following ingestion of C. difficile spores, via contaminated hands or environments. Hospitalized patients, those receiving antibiotic therapy, or the elderly are particularly at high risk of developing CDI. The high rate of recurrences and the limited number of effective antimicrobial agents complicate both the diagnosis and management of CDI. Since 2003, the incidence and the severity of CDI, with high mortality rates, have been steadily increasing, and have become a major public health problem throughout the world. This changes in the epidemiology and clinical presentations of CDI were linked to the emergence and rapid dissemination of a hypervirulent strain called 027. Between 2016 and 2019, 300 faecal specimens were collected from hospitalized patients with antibiotic-associated diarrhea. C. difficile were cultured on ChromID CDIF, and identified by Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation-Time Of Flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). Toxin gene profiles were characterized by multiplex PCR. The isolates were typed by PCR ribotyping and Multilocus Sequence Typing (MLST). Antimicrobial susceptibility was tested by the Disc diffusion and E-test method against a panel of 6 antibiotics. The antibiotic resistance genetic determinants for clindamycin, erythromycin and tetracycline were analysed by PCR, and by sequencing for the quinolones. C. difficile was detected in 18 (6%) of diarrheal patients, and were assigned to 11 different PCR-ribotypes and 12 sequence types: RT085/ST39, FR248/ST259, FR111/ST48, RT017/ST37, RT014/ST2, RT014/ST14, FR247/new ST, RT005/ST6, RT029/ST16, RT039/ST26, RT056/ST34 and RT446/ST58. Three toxin profiles were detected, two toxigenic, A+B+CDT- (33.3%) and A-B+CDT- (11%); and one non-toxigenic, A-B-CDT- (55.5%). The most common ribotypes were the non-toxigenic RT085 (16.7%), followed by the toxigenic RT014 and RT 017 (11.1% each). MLST analysis grouped the isolates into two clades, 1 and 4. Clade 4 was more homogeneous, as it included mainly non-toxigenic isolates. All C. difficile isolates were susceptible to metronidazole, vancomycin and moxifloxacin, whereas 72.2% and 16.6% were resistant to clindamycin and tetracycline, respectively. In conclusion, The prevalence of CDI in this study was comparable to those reported in many studies from Europe, Africa and the middle East. The C. difficile strains circulating in our healthcare settings were diverse and include novel RTs. Overall, we believe that our data provide important information regarding the epidemiology of CDI in Algeria, and emphasizes the need for continued surveillance to detect and prevent the spread of C. difficile. Further larger studies are needed to assess the true extent of CDI in Algeria.
Analyse moléculaire et génomique d’isolats cliniques de quelques bactéries pathogènes locales.
(Mohammed SEBAIHIA, 2023-05-25) MERAH, OUMEIMA
Cette étude avait comme objectif l’étude de la prévalence et les profils de résistance aux antibiotiques, ainsi que la caractérisation des déterminants génétiques de résistance chez des isolats cliniques d'Enterobacteriaceae. Entre 2012 et 2017, un total de 84 isolats d'entérobactéries ont été isolés à partir de différents échantillons cliniques prélevés de patients à l'hôpital Rabah Bitat de Boumerdès. Les isolats ont été identifiés par des tests microbiologiques et biochimiques et confirmés par MALDI-TOF-MS, dont 49 (58.3%) étaient Escherichia coli, 30 (35.7%) Klebsiella pneumoniae, 3 (3.6%) Enterobacter cloacae, 1 (1.2%) Enterobacter aerogenes et 1 (1.2 %) Klebsiella oxytoca. La majorité des isolats (78.5%) provenaient d'échantillons d'urine. Les antibiogrammes ont montré que les taux de résistance variaient entre 10% et 100%, les plus élevés (100%) étaient enregistrés contre amoxicilline et amoxicilline+acide clavulanique chez E. coli et Enterobacter spp., et les plus bas (entre 0% et 26%) pour ertapénèm et pipéracilline+ tazobactam chez E. coli et Klebsiella spp. Aucun des isolats n’était résistant à l'imipénème, ce qui fait des carbapénèmes le médicament de choix pour le traitement de ces agents pathogènes. La colistine a également montré une bonne efficacité, notamment contre les Enterobacter spp. et les E. coli, avec des taux de résistance de 0 % et 2 %, respectivement. Le taux global de multirésistance était relativement élevé (75%) parmi nos isolats, beaucoup plus élevé parmi K. pneumoniae (86.6%) que E. coli (69.4%). La fréquence globale des producteurs de β-lactamases à spectre étendu (BLSE) était de 57% (n=48), étant plus élevée parmi les Enterobacter spp. (100%) et les K. pneumoniae (80%) que parmi les E. coli (40.8%). L'analyse des déterminants génétiques de résistances a montré la présence des BLSE de types CTX-M (66.7%) et SHV (33.3%), parmi lesquelles le variant CTX-M-15 était le plus fréquent (41.6%, n=15). Nous rapportons également la première détection en Algérie des variants BLSE CTX-M27, CTX-M55 et SHV-16. Dans l'ensemble, nos résultats ont démontré que la multirésistance aux antibiotiques et la production de BLSE parmi les entérobactéries pathogènes dans notre étude étaient relativement élevées, soulignant la nécessité d'une surveillance continue de ces agents pathogènes, ainsi que la compréhension de leurs mécanismes moléculaires de résistance et de dissémination, afin d’aider à mettre en place des mesures de prévention appropriées
Etude de l’érosion hydrique et du transport solide en suspension du bassin versant du côtier Algérois, nord-centre Algérie.
(Mohammed ACHITE, 2023-03-20) BALLAH, Abderrahmane
L'érosion hydrique est la principale source de dégradation des sols dans les régions méditerranéennes. Ce phénomène, qui affecte les ressources en sol et en eau des bassins en Algérie, est lié à de nombreux facteurs qui s’interagissent. Le présent travail a pour objectif principal de quantifier l’érosion hydrique et d’évaluer le transport solide en suspension du bassin versant du Côtier Algérois (11958 km²) au droit des stations hydrométriques étudiées. La dégradation spécifique (DS) du bassin versant au droit des stations hydrométriques par l’application de modèle Sediment Rating Curve (SRC) a donnée pour Oued Baghlia (Ds = 149,78 t/km2/an), Oued El-Harrach (Ds = 459,80 t/km2/an), Oued Mazafran (Ds = 824,51 t/km2/an), Oued Bouroumi (Ds = 413,19 t/km2/an), Oued Bellah (Ds = 246,88 t/km2/an) et Oued Allalah (Ds = 1108,17 t/km2/an). Certaines conditions de terrain, telles que la topographie du terrain, la discontinuité spatiale du couvert végétal et l'irrégularité spatio-temporelle des précipitations, favorisent cette dégradation. Les modèles développés entre le transport solide et les paramètres conditionnant ce phénomène (le coefficient d’écoulement et le coefficient d’hydraulicité) pouvant être utilisés pour l’estimation du transport solide en cas d’absence de données sur les concentrations des matières en suspension. Les résultats obtenus montrent que le modèle puissance révèle une très bonne corrélation entre les différents paramètres et l’apport solide avec un coefficient de corrélation qui varie entre 0,64 et 0,98 pour les modèles retenues entre l’apport solide et le coefficient d’hydraulicité et un coefficient de détermination qui varie entre 0,70 et 0,93 pour les modèles retenues entre l’apport solide et le coefficient d’écoulement pour notre zone d’étude.
Activité anti-inflammatoire, antibactérienne et antioxydante des essences de Citrus de la région de Chlef
(ALLEM Rachida, 2021-07) BENGAG, AMINE
Dans la présente étude nous nous sommes intéressés à la valorisation des zestes de quatre espèces de Citrus provenant de la région de Chlef. L’analyse par CG/SM des essences a révélé une abondance de composés monotérpéniques dominés par la présence du D- Limonène (94.75 % pour C. reticulata, 87.38 % pour C. sinensis, 86.29% pour C. aurantium et 82.98% pour C. paradisii). Pour l’étude de l’activité antioxydante, nous avons utilisé la bioautographie par β- carotène et par DPPH. La valeur IC50 est classée dans l’ordre de 1,9068±0,0912 mg/ml pour C. reticulata, 6,2086±0,0308 mg/ml pour C. aurantium, 12,7662±0,0736 mg/ml pour C. paradisii, la quercetine (IC50 15,9938±0,01284 mg/ml), 19,1567±0,0499 mg/ml pour C. sinensis, et le BHA (IC50 21,9938±0,01284 mg/ml). Les résultats obtenus montrent que les essences de Citrus réduisent de façon significative le DPPH, ceci pourrait être dû à la présence des monoterpènes, en particulier le β-pinène et le limonène dans ces essences. L’activité anti-inflammatoire de ces essences a été testée avec la dose de 3 et 4 ml∕kg par voie IP après avoir provoqué l’oedème de la patte des souris (MORINI) par la carraghénine. Les résultats obtenus ont été comparés à ceux du traitement de référence (diclofenac de sodium). L'évaluation du pourcentage d’inhibition montre que ces essences présentent un effet anti-inflammatoire hautement significatif à une dose de 50 mg/kg du poids corporel, après une durée de 120 min pour la espèce de C. auruntium, après 150 min pour C. paradisii et C. sinensis, et après une durée de 180 min pour C. reticulata; les composés majoritaires (alcools, phénols, composés terpéniques et cétoniques) et leur effets synergiques peuvent justifier cette activité. Parmi les 17 bactéries pathogènes testées, nous avons noté que l’essence de C. sinensis a montré une activité antibactérienne nettement plus prononcée pour les deux souches: S. aureus ATCC®29213 et ATCC®25923 (24 mm de diamètre) et pour S. epidermidis (32 mm de diamètres). Six souches pathogènes sont résistantes. L’essence de C. aurantium est un agent antibactérien pour la plupart des souches de collection avec un diamètre de zone d’inhibition de 22 mm. B. subtilis ATCC® 6633, S. aureus ATCC® 25923 sont très sensibles. Cependant, E. coli ATCC®25922, E. feacalis ATCC® 29212, P. aeruginosa ATCC® 27853 sont résistantes à cette essence. Nous avons noté aussi que 50 % des souches testées sont sensibles à l’essence de C. paradisii. Un diamètre de 21 mm a été constaté pour les extrêmement sensibles (S. aureus ATCC®29213, P. vulgaris et Streptococcus sp.). L’essence de C. reticulata a montré une activité antibactérienne positive vis-à-vis de 64 % des souches testées. Les bactéries qui sont très sensibles (S. aureus ATCC®25923, S. epidermidis et P. vulgaris) présentent un diamètre supérieur à 20 mm, et une activité antibactérienne négative a été constatée vis-à-vis de 36% des souches étudiées. Cependant, l’activité antibactérienne des essences des Citrus étudiées pourrait, en partie, être associée aux composants majoritaires (Limonène, Caryophullene, β-myrcene, β pinene, α pinène). L’administration de l’essence de Citrus à la dose de 1% avec différentes voies (IV, IP, VO) prévient de façon significative respectivement la DL50 de 2920, 3560 et 4360 mg/kg avec l’essence de C. aurantium, 3400, 3720 et 4520 mg/kg avec C. reticulata, 2600, 2600 et 3080 mg/kg avec C. paradisii et 2760, 3560 et 4040 mg/kg avec C. sinensis. A ces doses, l’essence des Citrus s’est révélée faiblement toxique. L’évaluation de la DL50 de chaque espèce montre que l’administration par voie orale est très toxique par rapport aux autres voies et que l’essence de C. reticulata est très toxique par les trois voies (IV, IP et orale). Ces résultats montrent que ces essences constitueraient une source potentielle de substances naturelles qui pourraient avoir une importante application dans le domaine agro-alimentaire et dans l’industrie pharmaceutique.
IMPACT DE L’UTILISATION DES EAUX D’IRRIGATION SUR LA QUALITE DES SOLS DE LA PLAINE DU BAS-CHELIFF.
(Abdelkader DOUAOUI, 2021-02-18) SALHI, NASSIRA
La plaine Algérienne du Bas-Chéliff est une région agricole caractérisée principalement par un climat semi-aride sévère, où le recours inévitable à l’irrigation par les eaux souterraines pour la plupart des cultures pose de problèmes de salinisation, d’alcalinisation et/ou sodisation des sols. Dans les zones arides et semi-arides, l'évaporation concentre les solutions et les eaux évoluent et changent leur qualité. Dans ce travail les eaux du Chott El Jerid, qui appartient à la même famille géochimique que les eaux souterraines de la plaine du Bas-Chéliff, ont été utilisées pour d’une part, étudier l’évolution de la qualité des eaux d’irrigation de notre zone d’étude lorsqu’elles se concentrent suite à l’évaporation et d’autre part, prédire l’impact de ses eaux sur la qualité des sols irrigués. Les deux modèles de pitzer et SIT utilisés dans le calcul des activités et l’indice de saturation de minéraux montrent que lorsque les eaux souterraines du Bas-Chéliff sont comparés avec celles de Chott El Jerid et suite à une concentration supplémentaire par évaporation, les sels se précipiteraient dans l’ordre de calcite, gypse, la sépiolite, la thénardite (ou mirabilite), l'halite et la magnésite. Alors que la calcite ne se forme pas à l'équilibre et nécessite une sursaturation spécifique (SI ≃ 1,4), puis se détend à l’équilibre. Le modèle de Pitzer donne des meilleurs résultats que le modèle SIT pour la calcite et le gypse. Néanmoins, le modèle SIT donne de meilleurs résultats pour l’halite. L’évaluation par le concept d’alcalinité résiduelle généralisée montre que les eaux souterraines de la plaine du Bas-Chéliff s’engagèrent principalement vers une voie saline neutre sulfatée (44 échantillons) suivie par la voie saline neutre chlorurée (29échantillons). Ces évolutions sont symptomatiques et prévisionnelles des processus de salinisation des sols irrigués qui peuvent aboutir à la dégradation des propriétés physiques et agronomiques des sols Ce critère géochimique d’alcalinité résiduelle constitue un bon indicateur de la qualité des eaux souterraines d’irrigation, surtout lorsque le signe d’AR _Calcite_Magnésite/Sépiolite_Gypse est positif, ce qui provoque une augmentation rapide du SAR lorsqu’elles se concentrent, contrairement aux méthodes classiques de CE et SAR qui ne montrent aucun risque sur la dégradation des sols. Les risques attendus sur les sols ont été prédits lorsqu’on tient en compte du concept d’alcalinité résiduelle généralisée dans l’évaluation de la qualité des eaux d’irrigation dans la plaine du Bas-Chéliff. Les risques ont été validés sur terrain par la cartographie de la salinité et la stabilité structurale du sol.
Etude phytochimique et rôles biologiques des variétés des Phoenix dactylifera (datte) de l’Algérie
(ALLEM RACHIDA, 2017-05-11) Ali haimoud, Safia
Les plantes médicinales représentent une source inépuisable des composés bioactifs tels que les composés phénoliques. Les dattes (Phoenix dactylifera L.) possèdent des vertus thérapeutiques qui nécessitent des études plus approfondies sur leurs composants et leurs activités biologiques. C’est dans ce contexte que nous avons mené une étude qui avait comme objectifs: la détermination de la composition phytochimique par HPLC; l’étude de l’activité antibactérienne, antioxydante, anti-inflammatoire, antispasmodique et la détermination de la diversité génétique de dix cultivars de datte (Phoenix dactylifera L.) par la technique moléculaire PCR-RAPD. Les teneurs les plus élevées en phénols totaux (6.53±0.18 mg EAG/100g MS), flavonoïdes (4.23±0.29 mg EC/100g MS) et flavonols (1.43±0.15 mg ER/100 g MS) ont été trouvées dans l’extrait méthanolique de la variété Ali Ourached. L’analyse qualitative par HPLC a révélé la présence de plus de dix composés phénoliques. L’extrait de la variété Ali Ourached a montré une activité antioxydante la plus importante par les quatre méthodes (test de DPPH, le blanchissement de β–carotène, la capacité antioxydante totale et la méthode de FRAP). Les résultats de l’activité antibactérienne ont montré des diamètres des zones d’inhibition atteignant 20.73±1.10 mm. L’administration orale des extraits méthanoliques à une dose de 250 mg/kg PC a montré une activité contre l’inflammation induite par l’injection de la carragénine, ainsi qu’une capacité de diminuer les crampes abdominales provoquées par l’acide acétique. L'étude du polymorphisme moléculaire des cultivars de Phoenix dactylifera L. par la technique RAPD, nous a permis de détecter un niveau de polymorphisme élevé. La présente étude a montré que les extraits de dattes contiennent des composants qui peuvent être utilisés dans la prévention de plusieurs pathologies et exploités dans l’industrie alimentaire et pharmaceutique.
Prévalence de l’infection a Helicobacter pylori et son inhibition par des molécules bioactives
(ALLEM RACHIDA, 2017-05-23) Medjekane, Meriem
L’infection à Helicobacter pylori (H. pylori) est actuellement un problème majeur de santé publique dans le monde et particulièrement dans notre pays. Une bonne compréhension de l’épidémiologie de l’infection et des caractéristiques des souches locales permettent une meilleure prise en charge des patients. Dans un premier lieu, nous entreprenons une étude prospective sur une série de 190 patients symptomatiques colligée sur une période de trois ans ; de janvier 2013 à décembre 2015. Sur la base des examens microbiologiques et moléculaires, la prévalence de l’infection à H. pylori est de 70.50% dans la population étudiée. Les résultats ont révélé que 71.42% des isolats des biopsies gastriques étaient résistants à un antibiotique au minimum particulièrement au métronidazole (58.87%), suivi par la clarithromycine (21.64%), les fluoroquinolones (10.44%), l’érythromycine (9.70%), la ciproflaxacine (3.37%) et l’amoxicilline (2.23%). Nous avons aussi trouvé des souches multi résistantes qui présentent 23.01% de résistance à deux antibiotiques et 2.38% de résistance à trois antibiotiques au minimum. Les tests de génotypage ont indiqué que 40% de nos isolats portent le facteur de virulence CagA+ impliqué dans la pathogénicité d’H. pylori. Nous avons par ailleurs évalué la susceptibilité des souches locales aux extraits de quatre plantes médicinales : Chamaemelum nobile, Glycyrrhiza glabra, Origanum majorana et Pistacia lentiscus. L’huile essentielle de P. lentiscus (HEPL) démontre une activité bactéricide la plus importante contre les souches d’H. pylori. L’étude de la composition chimique de l’huile essentielle de P. lentiscus par CG-MS, révèle 65 composés dominés par les monoterpènes, notament α-pinène (15,47%), limonène (14,70%) et β-myrcène (9,93%). Ces composés sont responsables des activités biologiques exercés par l’HEPL et semblent travailler en synergie avec les composés présents à de faibles teneurs pour les activités anti-H. pylori et anti-oxydante in vitro, le potentiel anti-ulcérogène et anti-inflammatoire in vivo. Cette étude décrit que l'HEPL est une source naturelle de molécules bioactives ; elle pourrait être une alternative prometteuse pour les patients présentant un ulcère gastrique provoqué par H. pylori.
Isolement et Identification des souches de bactéries lactiques à caractère technologique et probiotique
(Dilmis Bouras Abdelkader, 2017-03-23) Sadi, fadhila
Etude épidémiologique et biologique du diabète dans la région d’Ain Defla(Algérie)
(ALLEM R, 2018-03-01) LAISSAOUI, AICHA
L’objectif de notre travail est la réalisation d’une étude épidémiologique du diabète de type 2 dans la région d’Ain Defla, et déceler les facteurs de risque associés à cette maladie. La deuxième étude est basée sur le suivi biologique en montrant l’efficacité de l’Hba1c dans le diagnostic précoce de l’atteinte des maladies cardiovasculaires. Les résultats de l’étude épidémiologique ont révélé que la prévalence de ce type de diabète est de 3 %.Ce phénomène est dû à l’obésité, la sédentarité et la mauvaise hygiène de vie. Les résultats de l’étude biologique ont montré des valeurs élevées de divers paramètres lipidiques et de la glycémie à jeun chez les femmes par rapport aux hommes. Par le biais d'une évaluation des paramètres glucidiques et lipidiques, nous avons révélé une éventuelle relation entre l’HbA1c et l’hyperlipidémie (une corrélation positive significative avec le cholestérol total, les LDLc et les TG et une corrélation négative significative avec les HDLc). Les diabétiques de type 2 ont le plus souvent des triglycérides augmentés et un HDLc bas, le LDLc est normal ou légèrement élevé.Les patients présentant une valeur d’HbA1c > 7% ont montré une corrélation directe et significative avec les valeurs de CT, TG, LDLc, le ratio LDLc/HDLc, et le rapport CT / HDLc par rapport aux patients présentant une HbA1c ≤ 7%. Ces résultats indiquent qu’en plus du contrôle de la glycémie, les taux d'HbA1c sont utilisés comme un biomarqueur potentiel pour prédire la dyslipidémie chez les patients diabétiques du type 2, elle-même présente un facteur du risque cardiovasculaire en plus du contrôle de la glycémie.
Effet de certaines bactéries lactiques sur quelques bactéries pathogènes responsable de diarrhées infantiles
(DELMI BOURAS Abd El Kader / KOICHE Malika, 2019) TOUALBIA, Meryem
Afin de stabiliser le microbiote intestinal et prévenir ou traiter les infections entériques, il est suggéré depuis des décennies d’utiliser des bactéries lactiques dites « probiotiques». La consommation de ces bactéries, qui sont des composants normaux du microbiote intestinal, aurait des effets bénéfiques sur la santé. Cependant, leur éventuel rôle prophylactique ou thérapeutique n’a été que très peu étudié. Dans ce travail on a isolé 150 souches de bactéries responsables des diarrhées infantiles dans le laboratoire de l’hopital Merouane Abed de Chettia-Chlef. L’étude des caractéristiques biochimiques a montré que ces isolats appartiennent à 3 espèces bactériennes : Echerichia fergusonii (92%), Salmonella enterica subsp. Diarizonae (7,33%) et Proteus mirabilus (0,66%). Leur identité a été confirmée par séquençage du gène ADNr 16S. 100 souches de bactéries lactiques ont été isolées à partir de différents échantillons de lait cru de vache, de chèvre et de chamelle collectés de différentes régions en Algérie. L’étude des caractéristiques phénotypique, morphologique et biochimique a montré que 70 souches appartenant au genre Lactobacillus. L’identification par galerie API 20E a abouti à différentes espèces : Lb. plantarum, Lb. fermentum, Lb. gasseri, Lb. reuteri et Lb. acidophilus. Suite à l’étude de la résistance aux conditions hostiles du tractus digestif, une souche à haut profil probiotique et à forte activité antibctérienne a été sélectionnée. Elle a été identifiée et déposée au GenBank suite au séquençage du gène ADNr 16S qui a montré qu’il s’agit de Lactobacillus platarum. L’étude in vivo sur les lapins holoxéniques montre que la croissance de Lb. plantarum n’est affectée ni par la présence d’EPEC ni par l’administration d’amoxicilline. A l’inverse, l’effet antagoniste de Lb. plantarum à l’égard d’EPEC a été observé avec des taux d’inhibition atteignant 100% que se soit en présence d’amoxicilline ou pas, avec des taux de survie de 100% contre un taux de 0% pour les lots ou les lapins n’ont pas ingéré de Lb. plantarum. Effectivement, les résultats des observations macroscopiques et microscopiques des coupes histologiques réalisées à partir du tube digestif (intestin grêle et colon) après dissection de l’ensemble des lapins montrent que les lapins qui ont reçu l’amoxicilline associé ou non à une contamination à EPEC souffraient d’une sévère atrophie intestinale avec une dégradation des tissus intestinaux (paroi et muqueuse). Néanmoins, un impact moins important est observé chez les lapins qui ont subi une antibiothérapie associée à une contamination avec EPEC et qui ont ingéré du lait fermenté à Lb. plantarum. Par contre, aucune anomalie pathologique n’est observée chez les lapins qui ont ingéré du lait fermenté à Lb. plantarum associé à une contamination à EPEC ou a une prise d’amoxicilline. Ces résultats montrent que le nombre et la durée de survie de Lb. plantarum au niveau du tube digestif du lapin pendant l’ingestion du lait fermenté à Lb. plantarum et après arrêt de celui-ci ont permis à ce dernier d’exercer des effets probiotiques très satisfaisants
Modélisation du bilan hydrique dans une parcelle d’artichaut irriguée et drainée (Wilaya de Relizane)
(HARTANI Tarik, 2019-01-15) KOUADRI SAMEUT, Moussa
La plaine du Bas-Chéliff est située dans la partie nord-ouest de l’Algérie à 220 Km d’Alger s’étend sur plus de 50000 ha; Elle est caractérisée par un déficit climatique quasi annuel (salinité primaire, rareté et irrégularité des pluies), le recours aux irrigations est devenu une solution incontournable pour les agriculteurs de la région pour la pratique de l’arboriculture fruitière et du maraichage. L’artichaut est l’un des produits du terroir rencontré dans la plaine. Sa précocité dans les conditions pédo-climatiques du Bas Cheliff lui offrent des débouchés commerciaux uniques en Algérie. De plus, ses conditions de croissance sont parfaitement adaptées au processus de la salinisation des sols de la plaine. C’est pour cette raison qu’il sera retenu dans ce travail.
Prévalence et détection moléculaire de la résistance primaire d’Helicobacter pylori aux antibiotiques dans quelques régions d’Algérie.
(Allem Rachida, 2019-07-13) BACHIR, MERYEM
En Algérie, les données sur l’antibiorésistance d’H. pylori sont limitées. Le but de cette étude était d'évaluer la résistance primaire d’H. pylori aux antibiotiques (amoxicilline, ciprofloxacine, clarithromycine, métronidazole, tetracycline et rifampicine) et de déterminer les mécanismes moléculaires impliqués. Méthodes: Deux cent soixante-dix cas n'ayant jamais reçu de traitement d’éradication ont été inclus dans cette étude. Des biopsies ont été obtenues pour la culture et un test de sensibilité aux antibiotiques a été réalisé par E-test pour tous les antibiotiques. Une amplification en temps réel a été également réalisée sur tous les cas pour évaluer la résistance à la clarithromycine et les mutations ponctuelles impliquées, ainsi que la résistance primaire à la tétracycline et les mutations impliquées. Le séquençage de la région QRDR du gène gyrA, la région RRDR du gène rpoB et du gène rdxA a été réalisé pour détecter les mutations impliquées respectivement dans la résistance à la ciprofloxacine, à la rifampicine et au métronidazole. Une étude d’Hétéro résistance à été réalisée sur 10 patients colonisés par des populations multiples d’H. pylori. Vingt isolats obtenus de chacun des patients ont subi un criblage de la résistance aux antibiotiques, une détection du gène cagA et du gène vacA et une étude de polymorphisme. Résultats: Aucune résistance à l'amoxicilline et à la rifampicine n'a été détectée. La résistance à la clarithromycine et à la ciprofloxacine a été trouvée respectivement dans 29,7% et 17,9% des cas et un taux élevé de résistance au metronidazole (67,8%) a été détecté. Les résultats de l’amplification en temps réel ont montré que la mutation ponctuelle A2143G la plus fréquemment impliquée dans la résistance à la clarithromycine, la mutation ponctuelle A2142C n’a pas été trouvée. Quarante deux patients (14,5%) ont été infectés à la fois par des génotypes résistants et sensibles. Seuls deux isolats ont été résistants à la tétracycline et présentaient une mutation A926G. Quatre mutations sont responsables de la résistance à la ciprofloxacine (N87K (44,73%), D91N (23,68%), N87I (18,42%) et D91G (7,89%)). Le séquençage du rdxA a révélé de nombreuses mutations aléatoires. Les résultats de l’étude de colonisation multiple ont montré qu'un patient peut être infecté par différents types d’H. pylori en même temps. Conclusion: Les résultats concernant la résistance primaire d’H. pylori aux antibiotiques, les principales mutations génétiques impliquées et l'étude du type de souche colonisant un patient sont nécessaires pour l’établissement de nouvelles stratégies thérapeutiques en Algérie.
Isolement et caractérisation des espèces d'Erwinia, agents de la jambe noire et de la pourriture molle de pomme de terre
(2019-07-28) NAȂS, Hiba
Les bactéries appartenant au genre Pectobacterium sont des phytopathogènes bien connus comme agents causaux des maladies de la pourriture molle et de la jambe noire sur de nombreuses plantes cultivées dans le monde, particulièrement la pomme de terre, entraînant de pertes économiques importantes. Durant la période entre 2012 et 2016, des cultures de pommes de terre présentant des symptômes de la pourriture molle sur le tubercule et la jambe noire sur leurs plants ont été collectées dans six zones productrices majeures de pommes de terre en Algérie, notamment Ain Defla, Chlef, Mascara, Mostaganem, Relizane et Tiaret. Sur la base des symptômes de la maladie et des caractéristiques physiologiques et biochimiques, 21 isolats de bactéries responsables de la pourriture molle ont été isolés à partir de tubercules de pomme de terre malades. Le test de pathogénicité des isolats testés a prouvé leur capacité à macérer la pomme de terre, avec des niveaux variables entre les isolats et également entre les cultivars. De plus, ces isolats ont produit des enzymes dégradant la paroi cellulaire végétale, telles que les pectinases, les cellulases, les protéases, et ont provoqué une réaction d'hypersensibilité sur les feuilles de géranium et de tabac. L'analyse phylogénétique avec les séquences des gènes mdh et ADNr 16S et par Analyse de Séquences Multilocus (MLSA) des séquences partielles des gènes de ménage (acnA, atpD, gyrB et infB) ont confirmé les résultats obtenus à partir de tests physiologiques et biochimiques utilisés pour l'identification des bactéries, et ont révélé que six et 15 isolats étaient Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliense et Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, respectivement. À notre connaissance, il s'agit du premier signalement de P. carotovorum subsp. brasiliense comme agent de la pourriture molle de la pomme de terre en Algérie.
Prévalence et caractérisation moléculaire de la résistance aux antibiotiques chez Proteus mirabilis
(Allem Rachida, 2020) BOUDJEMAA, HADJER
L’infection à Proteus mirabilis est fréquente en milieu hospitalier et communautaire. La propagation de la résistance aux antibiotiques chez cette bactérie et l’émergence des souches multirésistantes est un sujet de préoccupation pour de nombreux pays dans le monde. Le but de cette étude consiste à mettre en évidence l’état actuel de la résistance aux antibiotiques et les conducteurs moléculaires de la résistance des souches de P.mirabilis afin de prendre des mesures prophylactiques et thérapeutiques. Cette étude évalue une collection de 237 échantillons de Proteus Sp. sur une période allant du mois de décembre 2015 au mois de janvier 2017 au niveau du laboratoire du Centre Hospitalo-Universitaire d’Oran et des laboratoires privés de Chlef, Aïn Defla, et Khemis Miliana de Nord-Ouest d’Algérie. En premier lieu, L’identification de tous les isolats a été réalisée par le système Api20E et confirmée par la spectrométrie de masse (MALDI-TOF-MS). Ensuite, les gènes codant pour les β-lactamases (BLSEs) et les carbapénémases chez P.mirabilis ont été caractérisés par la PCR standard et le séquençage. L’étude de la relation clonale entre ces souches a été déterminée par les techniques de typage moléculaire et de protéomique (ERIC-PCR et spectrométrie de masse MALDI-TOF). L’étude de la résistance aux 17 antibiotiques, dont 12 β-lactamines, 2 aminosides, 1 quinolone, le triméthoprime/sulfaméthoxazole et la colistine, a montré des taux de résistance élevés pour la plupart des antibiotiques testés. Différents supports de résistance aux β-lactamases à spectre élargi (BLSE) ont été observés avec dominance du gène codant blaCTX-M-2 et blaTEM-2 et l’émergence de nouveaux gènes blaCMY-2. D’autres gènes de résistance aux aminosides (aacI3, aac(6’)-Ib), aux quinolones (aac(6’)-Ib-cr,qnrA,qnrB etqnrS) ont été également détectés. La dispersion des gènes de résistance au niveau du milieu communautaire et hospitalier, est associée à la présence du plasmide de différents groupes d’incompatibilité (IncFIA, IncA/C et IncN).La technique d’ ERIC-PCR a montré un clone prédominant avec 8 souches isolées de CHU d’Oran, appartenant à la séquence de type A, se regroupant dans le dendrogramme spectrométrie de masse MALDI-TOF. La multi-résistance élevée des souches de P.mirabilis impose une rectification du traitement empirique des infections.

Parcourir par

Dépôts récents