Évaluation de la diversité bactérienne du pied diabétique : approche moléculaire et métagénomique
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Date
2026
Auteurs
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Éditeur
Mohammed SEBAIHIA
Résumé
Le diabète constitue un problème majeur de santé publique, associé à une vaste gamme de
complications affectant divers organes. L’ulcère du pied diabétique (UPD) est l’une des
complications les plus graves, représentant une cause importante d’amputations des membres
inférieurs. Les patients atteints d’UPD présentent un risque élevé de développer des infections
du pied diabétique (IPD) impliquant les tissus mous et/ou l’os.
Cette thèse est divisée en deux parties : la prèmiere concerne la caractérisation génomique des
souches de Staphylococcus et Mammaliicoccus spp. isolées des IPD et de la peau saine du pied
contralatéral (PSPC) chez les mêmes patients ; la deuxième partie porte sur l’évaluation de la
diversité et de la structure des communautés bactériennes des IPD comparées à celles de la
PSPC, en utilisant le séquençage métagénomique shotgun.
Dans un premier temps, 58 souches de Staphylococcus/Mammaliicoccus spp. isolées de 44
patients ont été séquencées, annotées pour identifier les gènes de résistance aux antimicrobiens
et de virulence, puis soumises à un typage in silico (MLST, spa, SCCmec) ainsi qu’à une
analyse du pangénome. Dans un second temps, des échantillons provenant de 32 patients ont
été analysés par séquençage métagénomique afin d’examiner la composition bactérienne et la
diversité des IPD et de la PSPC.
Au total, 32 isolats de Staphylococcus aureus et 10 Staphylococcus epidermidis ont été isolés
à la fois à partir des IPD et de la PSPC. Par contre, Staphylococcus haemolyticus (n = 8),
Mammaliicoccus sciuri (n = 1), Staphylococcus hominis (n = 1) et Staphylococcus simulans (n
= 3) ont été isolés uniquement à partir de la PSPC, tandis que Staphylococcus caprae (n = 2)
et Staphylococcus saprophyticus (n = 1) étaient spécifiques aux IPD.
Le typage des 32 isolats de S. aureus a révélé 6 types ST (ST672, ST80, ST241, ST1, ST97,
ST291) et 4 ST non définis (STNF), 8 types spa (t044, t037, t3841, t1247, t127, t639, t937,
t9432), ainsi que 2 types SCCmec (IV et III (A)). Parmi les staphylocoques à coagulase
négative (SCoN), les isolats de S. epidermidis appartenaient aux ST54, ST35 et ST640, et ceux
de S. haemolyticus aux ST3, ST25, ST29, ST1 et ST56. L’isolat unique de M. sciuri possédait
un SCCmec de type III(A).
Une large diversité de gènes de résistance et de virulence a été identifiée, avec une répartition
variable selon les espèces ou les ST. L’analyse du pangénome a mis en évidence une population
hautement clonale, notamment parmi les isolats de S. aureus.
L’analyse métagénomique a révélé une prédominance d’anaérobies stricts appartenant aux
Bacteroidetes dans les IPD de grade PEDIS 4, tandis que PEDIS 3 et 2 étaient dominés par les
Proteobacteria. La PSPC présentait une composition bactérienne relativement stable à travers
tous les grades, dominée par les genres Corynebacterium, Staphylococcus, Pseudomonas et
Cutibacterium. La diversité bactérienne était plus élevée dans la PSPC que dans les IPD pour
les grades PEDIS 3 et 4, alors qu’elle était comparable entre les deux sites pour le grade PEDIS
2.
L’analyse PCoA a mis en évidence des structures communautaires distinctes entre les IPD et
la PSPC, Prevotella, Bacteroides et Porphyromonas étant les principaux contributeurs à cette
différenciation. Les analyses par Neighbor-Net ont confirmé une diversité réduite et une
composition bactérienne dominante plus homogène dans les IPD comparativement à la PSPC.
Description
THÈSE
Présentée pour l’obtention du diplôme de
DOCTORAT
Filière : Biologie
Spécialité : Génomique microbienne
Mots-clés
Infection du pied diabétique, Staphylococcus, Mammaliicoccus