Doctorat en Sciences de la Nature et de la Vie ( Biologie)

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Potentiel nutritionnel et de panification d'une farine à pourcentage élevé en fécule de pomme de terre
(DILMI BOURAS Abdelkade, 2015-12-15) Nemar, Fouzia
Lors des prochaines décennies, l’humanité en général et peuple algérien en particulier vont être confrontés à de très grave pénuries alimentaires et surtout dans le domaine de céréales et dans ces transformations. Des dispositions immédiates doivent être prises afin de nous préparer à relever ce défi majeur : la sécurité alimentaire pour notre pays. Dans notre étude on va : Etudier de la qualité comparée de farine de blé, farine ou fécule de pomme de terre, pourcentage de farine de blé ajouté à la fécule.
Étude de l’effet antimicrobien et antidiabétique des probiotiques en association avec de la spiruline
(lynda Boutekrabt, 2016) Bensehaila, Sarra
La présente étude porte sur l’évaluation de la valeur alimentaire et de l’effet antidiabétique d’une cyanobactérie Spirulina platensis provenant du sud Algérien, associée ou non à un probiotique. Les analyses physico-chimiques effectuées sur la spiruline nous ont permis de déduire qu’elle possède un bon apport calorique, soit de 369,28 kcal. Cet apport a pour origine essentiellement les teneurs élevées en protéines 60,32 %, en sucres totaux 17,63 %, en lipides 7,28 %. Le test au DPPH nous a permis de lui conférer une forte activité antioxydante. Du fait que la spiruline possède des qualités nutritionnelles complètes, incluant une forte activité anti radicalaire, nous avons pensé à l’utiliser comme un moyen de lutte contre l’effet diabétogène de l’alloxane chez les animaux qui se traduit par la destruction des cellules pancréatiques notamment les cellules β en provoquent une hyperglycémie grave appelée diabète expérimental. Dans une première phase, nous avons investi le rôle des bifidobactéries à rééquilibrer la composition de la flore intestinale, et le rôle primordiale de la spiruline a piéger les radicaux libres libérés dans l’état de stress oxydatif induit par le déséquilibre provoqué par une hyperglycémie. Puis, nous avons examiné l’activité antidiabétique et préventive d’une pré-culture bifide et da la spiruline, contre les agressions diabétogènes de l’alloxane. Nous avons évalué l'effet de 1 , 5 e t 10mg/mL de spiruline seul puis combinée avec une bifidobactérie in vivo sur des rats Wistar. Sur la base de l’ensemble des résultats que nous avons obtenu, il semblerait que l’association de la spiruline à raison de 10mg/mL à une bifidobactérie présente une vertu thérapeutique antidiabétique et un fort potentiel antioxydant.
Effet des fibres sur la satiété
(Abdelkader DILMI BOURAS, 2016) Hadri, Zouheyr
Actuellement, la réduction des apports excessifs en énergie est un objectif très recherché dans la lutte contre le surpoids et l'obésité. Par ailleurs, une utilisation récente de certaines fibres exerce des effets bénéfiques sur la santé et joue un rôle d’anti-obésité par la réductionde la prise alimentaire (Hess et al., 2011) via la régulation de la flore intestinale (Delzenne&Cani, 2009 &Furtado, 2010). Ainsi, des études récentes ont montré que l’effet des prébiotiques sur la satiété est impliqué par l’augmentation sérique des hormones anorexigènes (GLP-1, PYY) et une diminution des hormones orexigènes (ghréline) avec une amélioration de l’homéostasie du glucose (Delzenne et al., 2005). Parnell et Reimer, (2009), ont trouvé qu’une alimentation contenant l’oligofructose comme supplément provoque une réduction de l’apport énergétique qui est suivi par une réduction du poids corporel.
Intérêt des biomolécules d’origine végétale sur la santé
(Rachida Allem, 2016) Cheurfa, Mohammed
Les produits naturels et les métabolites secondaires ont montré un grand potentiel dans le traitement de maladies humaines telles que le cancer, le diabète et les maladies infectieuses. L’objectif de ce travail est de tester l’activité antibactérienne ; l’activité antioxydante par le biais de cinq méthodes avec la détermination de la teneur en phénols totaux, en flavonoïdes ; la determination de la composition chimique par HPLC et d’étudier l’activité antiinflammatoire et hypocholestérolémiante (in vivo) des extraits aqueux et hydro-alcoolique des feuilles de Thymus vulgaris, d’Aloysia triphylla, de Pistacia lentiscus, d’Olea europaea et des graines de Trigonella foenum-graecum. Les teneurs les plus élevées en phénols totaux (97.26 ± 0.003 mg Eq AG/ g) et en flavonoïdes (8.21 ± 0.008 mg Eq Q/ g) ont été trouvées avec l’extrait hydro-alcoolique des feuilles de P. lentiscus. Les résultats de l’activité antibactérienne ont montré des diamètres des zones d’inhibition ne dépassant pas 16.00 mm. Les extraits hydro-alcooliques montrent une activité antioxydante plus élevée (P < 0,05) par rapport aux extraits aqueux avec les quatre méthodes (test du DPPH, le blanchissement de la β-carotène, la capacité anti-oxydante totale et la méthode de FRAP). En revanche avec la méthode de FTC, les extraits aqueux exercent l’activité la plus élevée (P < 0,05) dont le pourcentage d’inhibition de la peroxydation le plus important a été trouvé avec l’extrait aqueux de T. vulgaris (62.30 ± 0.00 %). Les extraits des plantes testées ont montré in vivo une activité contre l’inflammation induite par l’injection de la carragénine, ainsi que la capacité de diminuer le cholestérol total, les triglycérides et les LDL dans le sang lors d’un régime riche en cholestérol. A la lumière de ces résultats, nous suggérons l’utilisation de ces plantes ou de leurs composants dans la prévention de plusieures pathologies.
Isolement et caractérisation des bactéries à intérêts biotechnologiques à partir de niches écologiques Algériennes
(ABBOUNI Bouziane, 2016) TIFRIT, Abdelkarim
Les amylases sont les principales enzymes impliquées dans la dégradation de l’amidon. Ces enzymes possèdent divers applications c’est pourquoi elles sont très recherchées dans le domaine industriel. Dans cette étude, 100 souches bactériennes appartenant au genre Bacillus, isolées à partir de différentes niches écologiques, de sources thermales dans le territoire Algérien ont sélectionnées sur la base de leurs capacités de dégradation d’amidon et production des amylases sur le milieu de culture Starch agar, additionnée d’une concentration de 1% d’amidon. La sélection des souches productrices des amylases est établie en s’appuyant sur deux critères essentiels : la mesure des diamètres des zones d’hydrolyses formées sur milieu de culture solide et le test de l’activité de dextrinisation dans un milieu de culture liquide par la méthode DNSA. La mise en évidence de la thermostabilité des amylases est effectuée par l’étude de l’influence de la température sur l’activité amylolytique. Les résultats obtenus ont montré que la souche MK7 sélectionnée productrice de l’amylase a présenté une activité enzymatique maximale de (1,537 U/ml). L’utilisation de la galerie API 20E et l’analyse par le logiciel Bacterial identification program ont permis l’identification de cette espèce comme étant Bacillus subtilis. Les tests de la thermostabilité effectués ont révélé la présence de quatre souches productrices d’amylases hautement résistantes (HC2, HBH2, HBH5 et HBH), avec des températures optimales de (85, 80, 75, 75°C) respectivement. L’utilisation de l’outil de la biologie moléculaire a permis une identification génétique des souches sélectionnées productrices d’amylases et l’analyse phylogénétique. Dans le but d’augmenter la production des amylases chez la souche sélectionnée productrice MK7, un certain nombre de paramètres tels que la source d’azote, la concentration de l’inoculum, la concentration d’amidon et l’effet de quelques sels minéraux ont été optimisés. Les résultats obtenus ont montré qu’une production maximale des amylases (11,746 U/ml) est obtenue lors de l’inoculation de la souche MK7 sur un milieu de culture optimisé contenant amidon 5g/l, gélatine 5g/l, CaCl2 ; 0.2 g/l et 0.5% v/v d’inoculum.
Caractérisation de lipases isolées à partir de souches microbiennes locales.
(DILMI BOURAS Abdelkader, 2017-01-26) NEHAL, FATMA
Les lipides constituent une grande partie de la biomasse de la terre et les enzymes lipolytiques jouent un rôle important dans la transformation de ces composés insolubles dans l'eau. Les lipases microbiennes ne sont pas comparables aux lipases d’origine végétale et animale en termes d'activité, rendement, facilité de purification, modifications moléculaires et stabilité. L'environnement où ces micro-organismes sont isolés confère certaines caractéristiques à ces enzymes. Staphylococcus aureus isolée à partir d’un biotope algérien sécrète dans le milieu de culture une lipase non-induite. La Lipase de S. aureus nommée (SAL) a été purifiée à homogénéité. La SAL pure est une protéine monomérique possèdant une masse moléculaire apparente d’environ 43 kDa. Le séquençage de 20 résidus d’acides amines de l’extrémité NH2-terminale a révélé un degré d’homologie élévé comparée aux autres lipases de Satphylocoques. La SAL présente des activités spécifiques d'environ 1600 U/mg ou de 555 U/mg en utilisant la tributyrine et l'émulsion d'huile d'olive comme substrats, respectivement. Contrairement à d'autres lipases Staphylococciques précédemment caractérisées, la SAL est stable à une gamme de pH de 6 à 9 après 1h d’incubation et maintient 50% de son activité après 10 minutes d’incubation à 50◦C. L'enzyme purifiée a été également caractérisée en utilisant la technique de couche monomoléculaire. L'activité de lipase peut être mesurée seulement quand la pression de surface atteint 15 mN/m. Les résultats obtenus montrent que la SAL hydrolyse préférentiellement les diacylglycérols à groupements esters adjacents à hautes pressions et les diacylglycérols à groupements esters distals à faible pression et une préférence pour la position sn-3 du 2,3-sndicaprine. Le pouvoir de pénétration (πc) de la SAL mesuré sur film monomléculaire d’Egg-PC est de 33mN/m. La séquence NH2-terminale de la SAL présente une forte homologie avec une lipase de la même souche nommée SAL 3 .Une délétion de 3 résidus (LKA) du côté NH2-terminale est observée dans la séquence de la SAL avec substitution de la glycine 208 et l’isoleucine 226 par une arginine et une leucine respectivement.
Modélisation par SIG du potentiel de contamination par les nitrates dans la plaine du moyen Cheliff occidental
(Mohammed ACHITE ; Naima BETTAHAR, 2017-03-09) BELMILOUD, Nessrine
La plaine de moyen Chéliff occidental (Nord-Ouest Algérien) abrite une nappe alluviale d’importante potentialité exploitée pour l’alimentation en eau potable, l’irrigation et l’industrie. La pollution de cette nappe, diffuse en particulier, est liée principalement à la présence des nitrates souvent avec des concentrations élevées. L’application de la géostatistique dans l’analyse spatiale des nitrates dans cette région montre que les zones les plus affectées sont particulièrement celles ayant reçu les plus grands apports d’azote, à partir des engrais minéraux et de l’eau d’irrigation, sous les sols les plus perméables situés principalement à ouled Fares et en aval de Boukadir et Sobha. La carte de vulnérabilité à la pollution, tracée par la méthode SINTACS, renforce ce constat vu que les tendances globales sont pratiquement similaires. Ainsi, le centre de la plaine reste moins vulnérables à la pollution de part la nature des sols et de la zone non saturée à texture assez fine ainsi que la profondeur d’eau qui est généralement élevée. Au contraire, les bordures de la plaine, particulièrement Est et Sud-Ouest, montrent une certaine vulnérabilité (moyenne) vu la nature des sols à perméabilité importante et les profondeurs d’eau assez faibles. L’Analyse en Composantes Principales (ACP) a fait ressortir les facteurs déterminants dans le transfert des nitrates, d’abord de la surface du sol jusqu’à l’horizon aquifère, et ensuite son mouvement dans la nappe. Le poids des pratiques agricoles, notamment la dose d’engrais, est remarquable. Les paramètres hydrodynamiques, milieu aquifère, profondeur de la nappe et conductivité hydraulique, semblent aussi avoir une influence proportionnelle ou inverse soit-elle. Par contre, les types de sol et de la zone non saturée ainsi que l’eau d’irrigation ne semblent contribuer en rien dans la présence des nitrates dans les eaux de cette nappe.
Isolement et Identification des souches de bactéries lactiques à caractère technologique et probiotique
(Dilmis Bouras Abdelkader, 2017-03-23) Sadi, fadhila
Etude phytochimique et rôles biologiques des variétés des Phoenix dactylifera (datte) de l’Algérie
(ALLEM RACHIDA, 2017-05-11) Ali haimoud, Safia
Les plantes médicinales représentent une source inépuisable des composés bioactifs tels que les composés phénoliques. Les dattes (Phoenix dactylifera L.) possèdent des vertus thérapeutiques qui nécessitent des études plus approfondies sur leurs composants et leurs activités biologiques. C’est dans ce contexte que nous avons mené une étude qui avait comme objectifs: la détermination de la composition phytochimique par HPLC; l’étude de l’activité antibactérienne, antioxydante, anti-inflammatoire, antispasmodique et la détermination de la diversité génétique de dix cultivars de datte (Phoenix dactylifera L.) par la technique moléculaire PCR-RAPD. Les teneurs les plus élevées en phénols totaux (6.53±0.18 mg EAG/100g MS), flavonoïdes (4.23±0.29 mg EC/100g MS) et flavonols (1.43±0.15 mg ER/100 g MS) ont été trouvées dans l’extrait méthanolique de la variété Ali Ourached. L’analyse qualitative par HPLC a révélé la présence de plus de dix composés phénoliques. L’extrait de la variété Ali Ourached a montré une activité antioxydante la plus importante par les quatre méthodes (test de DPPH, le blanchissement de β–carotène, la capacité antioxydante totale et la méthode de FRAP). Les résultats de l’activité antibactérienne ont montré des diamètres des zones d’inhibition atteignant 20.73±1.10 mm. L’administration orale des extraits méthanoliques à une dose de 250 mg/kg PC a montré une activité contre l’inflammation induite par l’injection de la carragénine, ainsi qu’une capacité de diminuer les crampes abdominales provoquées par l’acide acétique. L'étude du polymorphisme moléculaire des cultivars de Phoenix dactylifera L. par la technique RAPD, nous a permis de détecter un niveau de polymorphisme élevé. La présente étude a montré que les extraits de dattes contiennent des composants qui peuvent être utilisés dans la prévention de plusieurs pathologies et exploités dans l’industrie alimentaire et pharmaceutique.
Prévalence de l’infection a Helicobacter pylori et son inhibition par des molécules bioactives
(ALLEM RACHIDA, 2017-05-23) Medjekane, Meriem
L’infection à Helicobacter pylori (H. pylori) est actuellement un problème majeur de santé publique dans le monde et particulièrement dans notre pays. Une bonne compréhension de l’épidémiologie de l’infection et des caractéristiques des souches locales permettent une meilleure prise en charge des patients. Dans un premier lieu, nous entreprenons une étude prospective sur une série de 190 patients symptomatiques colligée sur une période de trois ans ; de janvier 2013 à décembre 2015. Sur la base des examens microbiologiques et moléculaires, la prévalence de l’infection à H. pylori est de 70.50% dans la population étudiée. Les résultats ont révélé que 71.42% des isolats des biopsies gastriques étaient résistants à un antibiotique au minimum particulièrement au métronidazole (58.87%), suivi par la clarithromycine (21.64%), les fluoroquinolones (10.44%), l’érythromycine (9.70%), la ciproflaxacine (3.37%) et l’amoxicilline (2.23%). Nous avons aussi trouvé des souches multi résistantes qui présentent 23.01% de résistance à deux antibiotiques et 2.38% de résistance à trois antibiotiques au minimum. Les tests de génotypage ont indiqué que 40% de nos isolats portent le facteur de virulence CagA+ impliqué dans la pathogénicité d’H. pylori. Nous avons par ailleurs évalué la susceptibilité des souches locales aux extraits de quatre plantes médicinales : Chamaemelum nobile, Glycyrrhiza glabra, Origanum majorana et Pistacia lentiscus. L’huile essentielle de P. lentiscus (HEPL) démontre une activité bactéricide la plus importante contre les souches d’H. pylori. L’étude de la composition chimique de l’huile essentielle de P. lentiscus par CG-MS, révèle 65 composés dominés par les monoterpènes, notament α-pinène (15,47%), limonène (14,70%) et β-myrcène (9,93%). Ces composés sont responsables des activités biologiques exercés par l’HEPL et semblent travailler en synergie avec les composés présents à de faibles teneurs pour les activités anti-H. pylori et anti-oxydante in vitro, le potentiel anti-ulcérogène et anti-inflammatoire in vivo. Cette étude décrit que l'HEPL est une source naturelle de molécules bioactives ; elle pourrait être une alternative prometteuse pour les patients présentant un ulcère gastrique provoqué par H. pylori.
Etude épidémiologique et biologique du diabète dans la région d’Ain Defla(Algérie)
(ALLEM R, 2018-03-01) LAISSAOUI, AICHA
L’objectif de notre travail est la réalisation d’une étude épidémiologique du diabète de type 2 dans la région d’Ain Defla, et déceler les facteurs de risque associés à cette maladie. La deuxième étude est basée sur le suivi biologique en montrant l’efficacité de l’Hba1c dans le diagnostic précoce de l’atteinte des maladies cardiovasculaires. Les résultats de l’étude épidémiologique ont révélé que la prévalence de ce type de diabète est de 3 %.Ce phénomène est dû à l’obésité, la sédentarité et la mauvaise hygiène de vie. Les résultats de l’étude biologique ont montré des valeurs élevées de divers paramètres lipidiques et de la glycémie à jeun chez les femmes par rapport aux hommes. Par le biais d'une évaluation des paramètres glucidiques et lipidiques, nous avons révélé une éventuelle relation entre l’HbA1c et l’hyperlipidémie (une corrélation positive significative avec le cholestérol total, les LDLc et les TG et une corrélation négative significative avec les HDLc). Les diabétiques de type 2 ont le plus souvent des triglycérides augmentés et un HDLc bas, le LDLc est normal ou légèrement élevé.Les patients présentant une valeur d’HbA1c > 7% ont montré une corrélation directe et significative avec les valeurs de CT, TG, LDLc, le ratio LDLc/HDLc, et le rapport CT / HDLc par rapport aux patients présentant une HbA1c ≤ 7%. Ces résultats indiquent qu’en plus du contrôle de la glycémie, les taux d'HbA1c sont utilisés comme un biomarqueur potentiel pour prédire la dyslipidémie chez les patients diabétiques du type 2, elle-même présente un facteur du risque cardiovasculaire en plus du contrôle de la glycémie.
Effet de certaines bactéries lactiques sur quelques bactéries pathogènes responsable de diarrhées infantiles
(DELMI BOURAS Abd El Kader / KOICHE Malika, 2019) TOUALBIA, Meryem
Afin de stabiliser le microbiote intestinal et prévenir ou traiter les infections entériques, il est suggéré depuis des décennies d’utiliser des bactéries lactiques dites « probiotiques». La consommation de ces bactéries, qui sont des composants normaux du microbiote intestinal, aurait des effets bénéfiques sur la santé. Cependant, leur éventuel rôle prophylactique ou thérapeutique n’a été que très peu étudié. Dans ce travail on a isolé 150 souches de bactéries responsables des diarrhées infantiles dans le laboratoire de l’hopital Merouane Abed de Chettia-Chlef. L’étude des caractéristiques biochimiques a montré que ces isolats appartiennent à 3 espèces bactériennes : Echerichia fergusonii (92%), Salmonella enterica subsp. Diarizonae (7,33%) et Proteus mirabilus (0,66%). Leur identité a été confirmée par séquençage du gène ADNr 16S. 100 souches de bactéries lactiques ont été isolées à partir de différents échantillons de lait cru de vache, de chèvre et de chamelle collectés de différentes régions en Algérie. L’étude des caractéristiques phénotypique, morphologique et biochimique a montré que 70 souches appartenant au genre Lactobacillus. L’identification par galerie API 20E a abouti à différentes espèces : Lb. plantarum, Lb. fermentum, Lb. gasseri, Lb. reuteri et Lb. acidophilus. Suite à l’étude de la résistance aux conditions hostiles du tractus digestif, une souche à haut profil probiotique et à forte activité antibctérienne a été sélectionnée. Elle a été identifiée et déposée au GenBank suite au séquençage du gène ADNr 16S qui a montré qu’il s’agit de Lactobacillus platarum. L’étude in vivo sur les lapins holoxéniques montre que la croissance de Lb. plantarum n’est affectée ni par la présence d’EPEC ni par l’administration d’amoxicilline. A l’inverse, l’effet antagoniste de Lb. plantarum à l’égard d’EPEC a été observé avec des taux d’inhibition atteignant 100% que se soit en présence d’amoxicilline ou pas, avec des taux de survie de 100% contre un taux de 0% pour les lots ou les lapins n’ont pas ingéré de Lb. plantarum. Effectivement, les résultats des observations macroscopiques et microscopiques des coupes histologiques réalisées à partir du tube digestif (intestin grêle et colon) après dissection de l’ensemble des lapins montrent que les lapins qui ont reçu l’amoxicilline associé ou non à une contamination à EPEC souffraient d’une sévère atrophie intestinale avec une dégradation des tissus intestinaux (paroi et muqueuse). Néanmoins, un impact moins important est observé chez les lapins qui ont subi une antibiothérapie associée à une contamination avec EPEC et qui ont ingéré du lait fermenté à Lb. plantarum. Par contre, aucune anomalie pathologique n’est observée chez les lapins qui ont ingéré du lait fermenté à Lb. plantarum associé à une contamination à EPEC ou a une prise d’amoxicilline. Ces résultats montrent que le nombre et la durée de survie de Lb. plantarum au niveau du tube digestif du lapin pendant l’ingestion du lait fermenté à Lb. plantarum et après arrêt de celui-ci ont permis à ce dernier d’exercer des effets probiotiques très satisfaisants
Modélisation du bilan hydrique dans une parcelle d’artichaut irriguée et drainée (Wilaya de Relizane)
(HARTANI Tarik, 2019-01-15) KOUADRI SAMEUT, Moussa
La plaine du Bas-Chéliff est située dans la partie nord-ouest de l’Algérie à 220 Km d’Alger s’étend sur plus de 50000 ha; Elle est caractérisée par un déficit climatique quasi annuel (salinité primaire, rareté et irrégularité des pluies), le recours aux irrigations est devenu une solution incontournable pour les agriculteurs de la région pour la pratique de l’arboriculture fruitière et du maraichage. L’artichaut est l’un des produits du terroir rencontré dans la plaine. Sa précocité dans les conditions pédo-climatiques du Bas Cheliff lui offrent des débouchés commerciaux uniques en Algérie. De plus, ses conditions de croissance sont parfaitement adaptées au processus de la salinisation des sols de la plaine. C’est pour cette raison qu’il sera retenu dans ce travail.
Prévalence et détection moléculaire de la résistance primaire d’Helicobacter pylori aux antibiotiques dans quelques régions d’Algérie.
(Allem Rachida, 2019-07-13) BACHIR, MERYEM
En Algérie, les données sur l’antibiorésistance d’H. pylori sont limitées. Le but de cette étude était d'évaluer la résistance primaire d’H. pylori aux antibiotiques (amoxicilline, ciprofloxacine, clarithromycine, métronidazole, tetracycline et rifampicine) et de déterminer les mécanismes moléculaires impliqués. Méthodes: Deux cent soixante-dix cas n'ayant jamais reçu de traitement d’éradication ont été inclus dans cette étude. Des biopsies ont été obtenues pour la culture et un test de sensibilité aux antibiotiques a été réalisé par E-test pour tous les antibiotiques. Une amplification en temps réel a été également réalisée sur tous les cas pour évaluer la résistance à la clarithromycine et les mutations ponctuelles impliquées, ainsi que la résistance primaire à la tétracycline et les mutations impliquées. Le séquençage de la région QRDR du gène gyrA, la région RRDR du gène rpoB et du gène rdxA a été réalisé pour détecter les mutations impliquées respectivement dans la résistance à la ciprofloxacine, à la rifampicine et au métronidazole. Une étude d’Hétéro résistance à été réalisée sur 10 patients colonisés par des populations multiples d’H. pylori. Vingt isolats obtenus de chacun des patients ont subi un criblage de la résistance aux antibiotiques, une détection du gène cagA et du gène vacA et une étude de polymorphisme. Résultats: Aucune résistance à l'amoxicilline et à la rifampicine n'a été détectée. La résistance à la clarithromycine et à la ciprofloxacine a été trouvée respectivement dans 29,7% et 17,9% des cas et un taux élevé de résistance au metronidazole (67,8%) a été détecté. Les résultats de l’amplification en temps réel ont montré que la mutation ponctuelle A2143G la plus fréquemment impliquée dans la résistance à la clarithromycine, la mutation ponctuelle A2142C n’a pas été trouvée. Quarante deux patients (14,5%) ont été infectés à la fois par des génotypes résistants et sensibles. Seuls deux isolats ont été résistants à la tétracycline et présentaient une mutation A926G. Quatre mutations sont responsables de la résistance à la ciprofloxacine (N87K (44,73%), D91N (23,68%), N87I (18,42%) et D91G (7,89%)). Le séquençage du rdxA a révélé de nombreuses mutations aléatoires. Les résultats de l’étude de colonisation multiple ont montré qu'un patient peut être infecté par différents types d’H. pylori en même temps. Conclusion: Les résultats concernant la résistance primaire d’H. pylori aux antibiotiques, les principales mutations génétiques impliquées et l'étude du type de souche colonisant un patient sont nécessaires pour l’établissement de nouvelles stratégies thérapeutiques en Algérie.
Isolement et caractérisation des espèces d'Erwinia, agents de la jambe noire et de la pourriture molle de pomme de terre
(2019-07-28) NAȂS, Hiba
Les bactéries appartenant au genre Pectobacterium sont des phytopathogènes bien connus comme agents causaux des maladies de la pourriture molle et de la jambe noire sur de nombreuses plantes cultivées dans le monde, particulièrement la pomme de terre, entraînant de pertes économiques importantes. Durant la période entre 2012 et 2016, des cultures de pommes de terre présentant des symptômes de la pourriture molle sur le tubercule et la jambe noire sur leurs plants ont été collectées dans six zones productrices majeures de pommes de terre en Algérie, notamment Ain Defla, Chlef, Mascara, Mostaganem, Relizane et Tiaret. Sur la base des symptômes de la maladie et des caractéristiques physiologiques et biochimiques, 21 isolats de bactéries responsables de la pourriture molle ont été isolés à partir de tubercules de pomme de terre malades. Le test de pathogénicité des isolats testés a prouvé leur capacité à macérer la pomme de terre, avec des niveaux variables entre les isolats et également entre les cultivars. De plus, ces isolats ont produit des enzymes dégradant la paroi cellulaire végétale, telles que les pectinases, les cellulases, les protéases, et ont provoqué une réaction d'hypersensibilité sur les feuilles de géranium et de tabac. L'analyse phylogénétique avec les séquences des gènes mdh et ADNr 16S et par Analyse de Séquences Multilocus (MLSA) des séquences partielles des gènes de ménage (acnA, atpD, gyrB et infB) ont confirmé les résultats obtenus à partir de tests physiologiques et biochimiques utilisés pour l'identification des bactéries, et ont révélé que six et 15 isolats étaient Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliense et Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, respectivement. À notre connaissance, il s'agit du premier signalement de P. carotovorum subsp. brasiliense comme agent de la pourriture molle de la pomme de terre en Algérie.
Prévalence et caractérisation moléculaire de la résistance aux antibiotiques chez Proteus mirabilis
(Allem Rachida, 2020) BOUDJEMAA, HADJER
L’infection à Proteus mirabilis est fréquente en milieu hospitalier et communautaire. La propagation de la résistance aux antibiotiques chez cette bactérie et l’émergence des souches multirésistantes est un sujet de préoccupation pour de nombreux pays dans le monde. Le but de cette étude consiste à mettre en évidence l’état actuel de la résistance aux antibiotiques et les conducteurs moléculaires de la résistance des souches de P.mirabilis afin de prendre des mesures prophylactiques et thérapeutiques. Cette étude évalue une collection de 237 échantillons de Proteus Sp. sur une période allant du mois de décembre 2015 au mois de janvier 2017 au niveau du laboratoire du Centre Hospitalo-Universitaire d’Oran et des laboratoires privés de Chlef, Aïn Defla, et Khemis Miliana de Nord-Ouest d’Algérie. En premier lieu, L’identification de tous les isolats a été réalisée par le système Api20E et confirmée par la spectrométrie de masse (MALDI-TOF-MS). Ensuite, les gènes codant pour les β-lactamases (BLSEs) et les carbapénémases chez P.mirabilis ont été caractérisés par la PCR standard et le séquençage. L’étude de la relation clonale entre ces souches a été déterminée par les techniques de typage moléculaire et de protéomique (ERIC-PCR et spectrométrie de masse MALDI-TOF). L’étude de la résistance aux 17 antibiotiques, dont 12 β-lactamines, 2 aminosides, 1 quinolone, le triméthoprime/sulfaméthoxazole et la colistine, a montré des taux de résistance élevés pour la plupart des antibiotiques testés. Différents supports de résistance aux β-lactamases à spectre élargi (BLSE) ont été observés avec dominance du gène codant blaCTX-M-2 et blaTEM-2 et l’émergence de nouveaux gènes blaCMY-2. D’autres gènes de résistance aux aminosides (aacI3, aac(6’)-Ib), aux quinolones (aac(6’)-Ib-cr,qnrA,qnrB etqnrS) ont été également détectés. La dispersion des gènes de résistance au niveau du milieu communautaire et hospitalier, est associée à la présence du plasmide de différents groupes d’incompatibilité (IncFIA, IncA/C et IncN).La technique d’ ERIC-PCR a montré un clone prédominant avec 8 souches isolées de CHU d’Oran, appartenant à la séquence de type A, se regroupant dans le dendrogramme spectrométrie de masse MALDI-TOF. La multi-résistance élevée des souches de P.mirabilis impose une rectification du traitement empirique des infections.
IMPACT DE L’UTILISATION DES EAUX D’IRRIGATION SUR LA QUALITE DES SOLS DE LA PLAINE DU BAS-CHELIFF.
(Abdelkader DOUAOUI, 2021-02-18) SALHI, NASSIRA
La plaine Algérienne du Bas-Chéliff est une région agricole caractérisée principalement par un climat semi-aride sévère, où le recours inévitable à l’irrigation par les eaux souterraines pour la plupart des cultures pose de problèmes de salinisation, d’alcalinisation et/ou sodisation des sols. Dans les zones arides et semi-arides, l'évaporation concentre les solutions et les eaux évoluent et changent leur qualité. Dans ce travail les eaux du Chott El Jerid, qui appartient à la même famille géochimique que les eaux souterraines de la plaine du Bas-Chéliff, ont été utilisées pour d’une part, étudier l’évolution de la qualité des eaux d’irrigation de notre zone d’étude lorsqu’elles se concentrent suite à l’évaporation et d’autre part, prédire l’impact de ses eaux sur la qualité des sols irrigués. Les deux modèles de pitzer et SIT utilisés dans le calcul des activités et l’indice de saturation de minéraux montrent que lorsque les eaux souterraines du Bas-Chéliff sont comparés avec celles de Chott El Jerid et suite à une concentration supplémentaire par évaporation, les sels se précipiteraient dans l’ordre de calcite, gypse, la sépiolite, la thénardite (ou mirabilite), l'halite et la magnésite. Alors que la calcite ne se forme pas à l'équilibre et nécessite une sursaturation spécifique (SI ≃ 1,4), puis se détend à l’équilibre. Le modèle de Pitzer donne des meilleurs résultats que le modèle SIT pour la calcite et le gypse. Néanmoins, le modèle SIT donne de meilleurs résultats pour l’halite. L’évaluation par le concept d’alcalinité résiduelle généralisée montre que les eaux souterraines de la plaine du Bas-Chéliff s’engagèrent principalement vers une voie saline neutre sulfatée (44 échantillons) suivie par la voie saline neutre chlorurée (29échantillons). Ces évolutions sont symptomatiques et prévisionnelles des processus de salinisation des sols irrigués qui peuvent aboutir à la dégradation des propriétés physiques et agronomiques des sols Ce critère géochimique d’alcalinité résiduelle constitue un bon indicateur de la qualité des eaux souterraines d’irrigation, surtout lorsque le signe d’AR _Calcite_Magnésite/Sépiolite_Gypse est positif, ce qui provoque une augmentation rapide du SAR lorsqu’elles se concentrent, contrairement aux méthodes classiques de CE et SAR qui ne montrent aucun risque sur la dégradation des sols. Les risques attendus sur les sols ont été prédits lorsqu’on tient en compte du concept d’alcalinité résiduelle généralisée dans l’évaluation de la qualité des eaux d’irrigation dans la plaine du Bas-Chéliff. Les risques ont été validés sur terrain par la cartographie de la salinité et la stabilité structurale du sol.
Activité anti-inflammatoire, antibactérienne et antioxydante des essences de Citrus de la région de Chlef
(ALLEM Rachida, 2021-07) BENGAG, AMINE
Dans la présente étude nous nous sommes intéressés à la valorisation des zestes de quatre espèces de Citrus provenant de la région de Chlef. L’analyse par CG/SM des essences a révélé une abondance de composés monotérpéniques dominés par la présence du D- Limonène (94.75 % pour C. reticulata, 87.38 % pour C. sinensis, 86.29% pour C. aurantium et 82.98% pour C. paradisii). Pour l’étude de l’activité antioxydante, nous avons utilisé la bioautographie par β- carotène et par DPPH. La valeur IC50 est classée dans l’ordre de 1,9068±0,0912 mg/ml pour C. reticulata, 6,2086±0,0308 mg/ml pour C. aurantium, 12,7662±0,0736 mg/ml pour C. paradisii, la quercetine (IC50 15,9938±0,01284 mg/ml), 19,1567±0,0499 mg/ml pour C. sinensis, et le BHA (IC50 21,9938±0,01284 mg/ml). Les résultats obtenus montrent que les essences de Citrus réduisent de façon significative le DPPH, ceci pourrait être dû à la présence des monoterpènes, en particulier le β-pinène et le limonène dans ces essences. L’activité anti-inflammatoire de ces essences a été testée avec la dose de 3 et 4 ml∕kg par voie IP après avoir provoqué l’oedème de la patte des souris (MORINI) par la carraghénine. Les résultats obtenus ont été comparés à ceux du traitement de référence (diclofenac de sodium). L'évaluation du pourcentage d’inhibition montre que ces essences présentent un effet anti-inflammatoire hautement significatif à une dose de 50 mg/kg du poids corporel, après une durée de 120 min pour la espèce de C. auruntium, après 150 min pour C. paradisii et C. sinensis, et après une durée de 180 min pour C. reticulata; les composés majoritaires (alcools, phénols, composés terpéniques et cétoniques) et leur effets synergiques peuvent justifier cette activité. Parmi les 17 bactéries pathogènes testées, nous avons noté que l’essence de C. sinensis a montré une activité antibactérienne nettement plus prononcée pour les deux souches: S. aureus ATCC®29213 et ATCC®25923 (24 mm de diamètre) et pour S. epidermidis (32 mm de diamètres). Six souches pathogènes sont résistantes. L’essence de C. aurantium est un agent antibactérien pour la plupart des souches de collection avec un diamètre de zone d’inhibition de 22 mm. B. subtilis ATCC® 6633, S. aureus ATCC® 25923 sont très sensibles. Cependant, E. coli ATCC®25922, E. feacalis ATCC® 29212, P. aeruginosa ATCC® 27853 sont résistantes à cette essence. Nous avons noté aussi que 50 % des souches testées sont sensibles à l’essence de C. paradisii. Un diamètre de 21 mm a été constaté pour les extrêmement sensibles (S. aureus ATCC®29213, P. vulgaris et Streptococcus sp.). L’essence de C. reticulata a montré une activité antibactérienne positive vis-à-vis de 64 % des souches testées. Les bactéries qui sont très sensibles (S. aureus ATCC®25923, S. epidermidis et P. vulgaris) présentent un diamètre supérieur à 20 mm, et une activité antibactérienne négative a été constatée vis-à-vis de 36% des souches étudiées. Cependant, l’activité antibactérienne des essences des Citrus étudiées pourrait, en partie, être associée aux composants majoritaires (Limonène, Caryophullene, β-myrcene, β pinene, α pinène). L’administration de l’essence de Citrus à la dose de 1% avec différentes voies (IV, IP, VO) prévient de façon significative respectivement la DL50 de 2920, 3560 et 4360 mg/kg avec l’essence de C. aurantium, 3400, 3720 et 4520 mg/kg avec C. reticulata, 2600, 2600 et 3080 mg/kg avec C. paradisii et 2760, 3560 et 4040 mg/kg avec C. sinensis. A ces doses, l’essence des Citrus s’est révélée faiblement toxique. L’évaluation de la DL50 de chaque espèce montre que l’administration par voie orale est très toxique par rapport aux autres voies et que l’essence de C. reticulata est très toxique par les trois voies (IV, IP et orale). Ces résultats montrent que ces essences constitueraient une source potentielle de substances naturelles qui pourraient avoir une importante application dans le domaine agro-alimentaire et dans l’industrie pharmaceutique.
Etude de l’érosion hydrique et du transport solide en suspension du bassin versant du côtier Algérois, nord-centre Algérie.
(Mohammed ACHITE, 2023-03-20) BALLAH, Abderrahmane
L'érosion hydrique est la principale source de dégradation des sols dans les régions méditerranéennes. Ce phénomène, qui affecte les ressources en sol et en eau des bassins en Algérie, est lié à de nombreux facteurs qui s’interagissent. Le présent travail a pour objectif principal de quantifier l’érosion hydrique et d’évaluer le transport solide en suspension du bassin versant du Côtier Algérois (11958 km²) au droit des stations hydrométriques étudiées. La dégradation spécifique (DS) du bassin versant au droit des stations hydrométriques par l’application de modèle Sediment Rating Curve (SRC) a donnée pour Oued Baghlia (Ds = 149,78 t/km2/an), Oued El-Harrach (Ds = 459,80 t/km2/an), Oued Mazafran (Ds = 824,51 t/km2/an), Oued Bouroumi (Ds = 413,19 t/km2/an), Oued Bellah (Ds = 246,88 t/km2/an) et Oued Allalah (Ds = 1108,17 t/km2/an). Certaines conditions de terrain, telles que la topographie du terrain, la discontinuité spatiale du couvert végétal et l'irrégularité spatio-temporelle des précipitations, favorisent cette dégradation. Les modèles développés entre le transport solide et les paramètres conditionnant ce phénomène (le coefficient d’écoulement et le coefficient d’hydraulicité) pouvant être utilisés pour l’estimation du transport solide en cas d’absence de données sur les concentrations des matières en suspension. Les résultats obtenus montrent que le modèle puissance révèle une très bonne corrélation entre les différents paramètres et l’apport solide avec un coefficient de corrélation qui varie entre 0,64 et 0,98 pour les modèles retenues entre l’apport solide et le coefficient d’hydraulicité et un coefficient de détermination qui varie entre 0,70 et 0,93 pour les modèles retenues entre l’apport solide et le coefficient d’écoulement pour notre zone d’étude.
Analyse moléculaire et génomique d’isolats cliniques de quelques bactéries pathogènes locales.
(Mohammed SEBAIHIA, 2023-05-25) MERAH, OUMEIMA
Cette étude avait comme objectif l’étude de la prévalence et les profils de résistance aux antibiotiques, ainsi que la caractérisation des déterminants génétiques de résistance chez des isolats cliniques d'Enterobacteriaceae. Entre 2012 et 2017, un total de 84 isolats d'entérobactéries ont été isolés à partir de différents échantillons cliniques prélevés de patients à l'hôpital Rabah Bitat de Boumerdès. Les isolats ont été identifiés par des tests microbiologiques et biochimiques et confirmés par MALDI-TOF-MS, dont 49 (58.3%) étaient Escherichia coli, 30 (35.7%) Klebsiella pneumoniae, 3 (3.6%) Enterobacter cloacae, 1 (1.2%) Enterobacter aerogenes et 1 (1.2 %) Klebsiella oxytoca. La majorité des isolats (78.5%) provenaient d'échantillons d'urine. Les antibiogrammes ont montré que les taux de résistance variaient entre 10% et 100%, les plus élevés (100%) étaient enregistrés contre amoxicilline et amoxicilline+acide clavulanique chez E. coli et Enterobacter spp., et les plus bas (entre 0% et 26%) pour ertapénèm et pipéracilline+ tazobactam chez E. coli et Klebsiella spp. Aucun des isolats n’était résistant à l'imipénème, ce qui fait des carbapénèmes le médicament de choix pour le traitement de ces agents pathogènes. La colistine a également montré une bonne efficacité, notamment contre les Enterobacter spp. et les E. coli, avec des taux de résistance de 0 % et 2 %, respectivement. Le taux global de multirésistance était relativement élevé (75%) parmi nos isolats, beaucoup plus élevé parmi K. pneumoniae (86.6%) que E. coli (69.4%). La fréquence globale des producteurs de β-lactamases à spectre étendu (BLSE) était de 57% (n=48), étant plus élevée parmi les Enterobacter spp. (100%) et les K. pneumoniae (80%) que parmi les E. coli (40.8%). L'analyse des déterminants génétiques de résistances a montré la présence des BLSE de types CTX-M (66.7%) et SHV (33.3%), parmi lesquelles le variant CTX-M-15 était le plus fréquent (41.6%, n=15). Nous rapportons également la première détection en Algérie des variants BLSE CTX-M27, CTX-M55 et SHV-16. Dans l'ensemble, nos résultats ont démontré que la multirésistance aux antibiotiques et la production de BLSE parmi les entérobactéries pathogènes dans notre étude étaient relativement élevées, soulignant la nécessité d'une surveillance continue de ces agents pathogènes, ainsi que la compréhension de leurs mécanismes moléculaires de résistance et de dissémination, afin d’aider à mettre en place des mesures de prévention appropriées

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